1991年，市卫生局内设办公室、政工科、财务科、业务科。1995年增设老干部科，与政工科合署办公。1997年市机构改革，滨政办发[1997]14号文批复市卫生局设6个职能科室：办公室、政工科、计划财务科、防保科教科、医政科、爱卫会办公室。行政编制18人，工勤编制2人。
1991年市卫生局下辖单位有市立医院、市第二人民医院、市卫生防疫站、市妇幼保健站、市药品检验所、市结核病防治所、市府机关门诊所、市卫生学校及11处乡镇卫生院、3处防保站。1992年10月，市立医院、市卫生防疫站由副科级升格为正科级单位。1993年6月，市府机关门诊所、市妇幼保健站升格为副科级事业单位。1994年滨城镇卫生院的防保组从医院中分离出来，成立防保站，归镇政府管理，业务上受卫生局指导和监督。1993年市编委以滨市编函[1993]8号文核定，市公费医疗办公室事业编制2人。市编委[1995]1号文件批准，成立市健康教育所，为副科级全额事业单位，隶属卫生局管理，编制4人。1995年6月，市药检所升格为副科级事业单位。1996年11月滨市发[1996]49号文批准市爱国卫生运动委员会办公室归属市卫生局管理，正科级机构规格不变。1998年7月2日，滨市编函[1998]5号文批复，同意滨州市市府机关门诊所更名为滨州市政府机关门诊部。
1991年底，滨州市卫生系统总人数为986人。其中卫生技术人员792人，包括副主任医师8人，主治医师82人，医师医士级702人。床位597张，业务收入538万元，固定资产664.5万元。
1997年底，卫生系统总人数为1299人。其中卫生技术人员达1197人，包括主任医师2人，副主任医师32人，主治医师227人。床位592张，业务收入1784万元，固定资产2089万元。
滨州市7年中投资671万元，增置大中型设备43台；投资708万元，盖了病房、门诊楼、影像楼；投资530万元，建职工生活住房11290平方米。1991年以来，市卫生系统突出以改革求发展和农村卫生两个重点，全面带动了其他工作的开展。
卫生体制改革。在深化卫生改革中，按照省委、省政府指示精神，将11处乡镇卫生院全部划归乡镇政府领导和管理。积极改革医疗卫生单位内部机制，坚持实行院（站、所）长负责制、人员聘任制、目标管理责任制，工资实行差额管理，奖金实行审批制。1995—1997年卫生改革进一步深化。1995年8月11日，山东省农村卫生改革工作会议在滨州召开，组织参观了里则镇中心卫生院、小营镇中心卫生院的改革现场。滨州市人民政府滨政发[1995]21号文件批转市卫生局《关于一九九五年卫生体制改革实施意见的报告》。在卫生系统内部推行了以领导管理体制改革、人事制度改革、办医体制改革、分配制度改革和投入与补偿机制改革为主要内容的“五制”改革，激发了干部、职工的劳动积极性，促进了技术与社会效益的全面提高。
医院管理。医院管理以病人为中心，以质量为核心，以强化质量意识，提高综合效益为突破口，认真落实各项制度，狠抓内部管理。1992年开展创一级甲等医院活动，在第一周期内先后有里则中心卫生院、堡集中心卫生院、小营中心卫生院、单寺中心卫生院、滨城卫生院、尚店卫生院、张集卫生院被省卫生厅命名为一级甲等医院，占滨州市乡镇卫生院的70％。
1997年在创建爱婴医院活动中，市立医院、市第二人民医院被省卫生厅命名为“爱婴医院”。
农村卫生室建设。1996年村卫生室注册650处，覆盖率100％；甲级卫生室占有率为73.5％。乡村医生768人，其中主治医师116人，医师453人，医士163人，卫生员36人。1994年对768名乡村医生及接生员进行考试，乡医培训率达90％，40％的乡医达到中专水平。
村卫生室管理实行了“三制”，即卫生室村委领导小组、乡医职责、卫生室工作制度；“三证”，即医疗机构执业许可证、输液证、健康证；“三统一”，即统一处方，统一购药、统一管理制度。市乡两级建立了乡医档案。
滨州市共有64名乡医获“优秀乡医”称号。其中市级优秀乡医53名，厅级7名，部级4名。
预防保健。妇幼保健工作以实施《中华人民共和国母婴保健法》和《九十年代儿童发展规划纲要》为重点，做好妇女儿童疾病查治工作。1991年检查妇女12785人，查出各种疾病1750人，发病率为13.7％，治愈率为90.2％。1995年在滨州7个乡镇展开了婚前健康检查，共查体2839人次，查出各种疾病78人。
落实卫生部、国家教委颁布的《托儿所、幼儿园卫生保健管理办法》，对0—7岁儿童进行查体。1995年0—7岁儿童32726人，查体28291人，查出各种疾病2773人，发病率9.8％，治愈率为91.2％。1996—1997年发放《出生医学证明》5730份，42名专业人员取得任职资格，14处医疗单位领取了《母婴保健技术服务许可证》。积极开展创建“爱婴医院”活动，对2处二级医院、11处乡镇一级医院进行指导培训。1996年滨州市立医院、滨州市第二人民医院通过地区爱婴医院评审，1997年省级验收正式批准为“爱婴医院”。
中医事业。中医事业得到发展，30％的乡镇卫生院设有中医科。自1991—1997年底，已发展中医药专业人员60人，其中主治中医师以上20人，全市乡村中医士50人，中医药人才达200人。市立医院中医骨科小夹板固定治疗骨折在滨州市久负盛名。
公费医疗。1991年滨州市享受公费医疗人数为9688人，年支出人均244元。1991—1994年按滨政发[1990]173号文执行标准为：在职职工每人每年120元；退二线干部每人每年240元；二等乙级以上残废军人及离退休干部每人每年360元。门诊费按人均享受额的50％包干到单位，超支单位自行解决，住院费由公费医疗办公室按定额和比例统筹报销。为加强管理，所有人员必须到指定医院就医，急诊和疑难病例可就近治疗转上级医院诊治。1991年市卫生局制定公费医疗管理奖罚办法，对指定医疗机构公费医疗管理做出明确规定。1995—1998年，执行滨政办发[1995]80号文件，公费医疗报销标准在职职工每人每年由120元上升到140元，退休干部由360元下降为240元，其余仍按原标准执行。门诊费包干到享受单位，住院费包干到定点医疗机构管理。公费医疗办公室每年定期检查、督导公费医疗资金使用情况，根据检查标准，对管理好的单位进行表彰，差的通报批评。1997年全市享受公费医疗人数为13458人，年支出人均为318元。
乡镇卫生院建设。1991—1997年是乡镇卫生院发展较快的6年。乡镇卫生院基本完成了改貌建设，达到了“一无三配套”标准。6年来，累计总投资329万元，新增建筑面积17000平方米，购置救护车6辆。其中小营卫生院投资80万元，建筑面积达1500平方米的门诊楼于1993年投入使用，群众就医环境得到改善，社会和经济效益明显提高。1995年全省农村卫生工作会议在滨州召开，与会者对小营卫生院给予较高评价。为满足广大农民的医疗保健需求，全市乡镇卫生院走自我发展壮大之路，不等、不靠、不要，自筹资金，全部装备了X光机、心电图机、B超仪，有的还配置了脑电地形图机、手术显微镜、半自动生化分析仪、激光治疗机等设备，医疗条件明显改观。1997年门诊人次达23.7万人次，比1995年增加3％；床位使用率达35.4％，比1995年增长6％。截止1998年6月，乡镇卫生院固定资产值达770.1万元，比1991年增598.8万元；房屋建筑面积达31000平方米，其中业务用房17000平方米，比1991年增10000平方米；床位349张，比1991年增114张。已有7个乡镇卫生院达部颁一级甲等医院标准，占全市11处乡镇卫生院总数的63.6％。卫生人员551人，其中专业技术人员450人，具有高级职称的4人，中级职称的33人。
医学教育及科研。1991—1997年市卫生学校招生403名，为基层卫生组织培养技术专用人才。认真组织自学考试工作，自1988年开设中医专业考试，先后有200余人参加考试。1997年底已有59人获大专毕业证书。1993年开设护理专业考试，至1997年底已有48人获大专毕业证书，为滨州市中医护理事业奠定了基础。1992年获省卫生厅自学考试助学先进单位，孟凡恩获助学先进个人称号。1997年参加继续教育人数达632人，其中学历教育239人，进修97人次，其他形式学习296人次。发表论文53篇，其中国家级17篇，省级23篇。
市立医院积极引进技术，开展新项目。新购置了西门子螺旋CT一台，充分利用现代化科学技术，开展了胶原酶溶解术治疗腰椎间盘突出症、人工牙种植、药物治疗牵引术等10多种新项目。市立二院新购置了全区较先进的500毫安电视增强系统X光机一台，购进自动分析心电图机监护仪等先进设备，胸导管引流术治疗支气管哮喘得到一定临床效果。
1995年8月，“甲肝抗体血清学研究”课题通过地区科委鉴定，获滨州地区科技进步二等奖。1993年8月1日，滨州市妇幼保健站孟庆英、李治英、卢淑荣3位同志的“孕产妇死亡监测研究”科研项目获国家卫生部科技进步二等奖。
医药市场管理。为保证人民群众用药安全、有效，医政、药政、药检部门认真贯彻落实省卫生厅关于整顿医疗秩序，加强药品监督管理的文件精神，1996—1997年对100余处医院、药材站、卫生所（室）进行了拉网式检查，覆盖率达100％。检查药品216484种，发现假劣药品252种批，没收28439/片支g，价值3608.41元，没收违法所得660元，规范了药品市场秩序。
依照《医疗机构管理条例》要求，卫生局组织了6次较大规模的执法督导活动，取缔野医、游医10家，没收非法广告1万张；罚款16家，总金额5600元。