1982年8月2日国务院批复同意山东省设立滨州市，以滨县的北镇、博兴县的小营公社和蔡寨公社的朱全镇管区为滨州市行政区域。1982年11月24日，惠民地区行署批复，同意设立滨州市政府办公室等工作部门及3个市区街道办事处、1个郊区乡和1个郊区镇。政府工作部门设置如下：政府办公室、计划委员会、经济委员会、科学技术委员会、统计局、物价局、物资局、标准计量局、劳动人事局、民政局、司法局、公安局、档案局、城乡建设环境保护局、房地产管理局、交通局、农林牧渔局、水利局、社队企业局、财税局、粮食局、商业局、供销社、工商行政管理局、文化局、教育局、卫生局（爱国卫生运动委员会与卫生局合署办公）、计划生育局、广播事业局、体育运动委员会。
1984年,惠民地委对《滨州市党政机关机构改革方案》给予批复，同意滨州市设置以下政府工作部门：政府办公室、计划委员会、经济委员会、科学技术委员会、城乡建设委员会、计划生育委员会、体育运动委员会、民政局、公安局、司法局、人事局（编制委员会办事机构设于人事局）、劳动局、财政局、税务局、审计局、工商行政管理局、统计局、物价局、物资局、商业局、交通局、农林牧渔局、水利局、多种经营乡镇企业局、粮食局、教育局、卫生局、文化局、广播电视局、标准计量局、环境保护局、房地产管理局、市容办公室。
1987年3月12日，山东省人民政府通知：国务院批准，撤销滨县，将其行政区域并入滨州市。滨州市辖8乡、5镇、3个街道办事处。
1996年，以中共的十四大精神为指针，按照省、地关于机构改革的部署要求，滨州市按照政企分开、政事分开和精简、统一、效能的原则，改革现行的党政机构和行政管理体制。（1）设置政府工作部门37个：政府办公室、经济贸易委员会（经济委员会更名）、农业委员会、计划委员会、建设委员会（城乡建设委员会更名）、科学技术委员会、教育委员会（教育局更名）、体育运动委员会、计划生育委员会、公安局、司法局、民政局、人事局（机构编制委员会办公室与其合署）、劳动局、财政局、地方税务局、交通局、水利局、卫生局、审计局、工商行政管理局、土地管理局、农业局、林业局、粮食局、技术监督局、统计局、乡镇企业管理局（乡镇企业局更名）、环境保护局、经济体制改革委员会办公室（经济体制改革委员会更名）、文化局、贸易局（财贸委员会更名，加挂财贸办公室牌子）、对外经济贸易委员会、畜牧局、水产局、蔬菜局、物价局、监察局（与纪律检查委员会合署）。（2）政府部门管理机构：信访局由市委办公室和市政府办公室管理,以市委办公室管理为主;法制局由市政府办公室管理；国有资产管理局由财政局管理；房地产管理局由建设委员会管理。（3）政府部门所属机构：民族宗教事务办公室、外事侨务办公室、信息调研室归属市政府办公室；农业综合开发领导小组办公室归属农业委员会；农民负担监督管理办公室归属农业局；托幼办公室归属教育委员会；计划生育协会归属计划生育委员会；军队退休干部、复退军人安置办公室归属民政局；安全委员会办公室、劳动争议仲裁委员会办公室归属劳动局；爱国卫生委员会办公室归属卫生局；税收财务物价大检查办公室、第二预算管理办公室归属财政局；监察举报中心归属监察局；公证处归属司法局；公安指挥中心、刑警大队、交警大队归属公安局。（4）整建制转事业单位的机构：广播电视局、台实行合一体制，转为事业单位，授权行使有关行政管理职能；机关行政事务管理办公室转为事业单位，授权行使有关行政管理职能，由市委办公室和市政府办公室管理，以市政府办公室管理为主；老龄委员会办公室转为事业单位，由民政局管理；经济协作办公室转为事业单位，由计划委员会管理；职工教育办公室改称职工教育中心，转为事业单位，归属经济贸易委员会。（5）撤销、合并的机构：撤销节能办公室，其职能并入经济贸易委员会；撤销地名办公室，其职能并入民政局；撤销岗位目标责任制办公室。（6）原直属事业单位改革如下：史志办公室、油区办公室由市政府办公室管理；地震办公室由科学技术委员会管理；棉花生产办公室由农业委员会管理；撤销铁路建设办公室，其职能并入计划委员会。（7）整建制实体单位按以下意见处理：商业局、物资局转为经济实体，分别为商业集团总公司、物资集团总公司，不再挂局牌子，原则上于1997年底经济上与财政脱钩。粮食局政企分开，企业组建粮油集团总公司。农机局整建制转为事业单位，授权行使有关行政管理职能，由农业委员会管理。撤销工业局，其职能并入经济贸易委员会。撤销纺织工业局，其职能并入经济贸易委员会（加挂纺织总会牌子）。撤销二轻工业局，其职能并入经济贸易委员会（加挂轻工总会牌子）。改革调整后，共设置机构54个，其中市委、市政府工作机构42个，按《中国共产党章程》《中华人民共和国宪法》规定设置机构6个，人民团体5个，派出机构1个。比现有机构85个减少31个，精减36.5%。
2002年，以中共十五大和十五届六中全会精神为指导，认真贯彻省委、省政府和市委、市政府关于机构改革的方针和原则，区政府机构作如下调整改革:（1）保留的机构：保留区政府办公室、民政局、司法局、财政局、劳动和社会保障局、交通局、水利局、卫生局、审计局、统计局、粮食局、市公安局滨城区分局。保留监察局(与纪律检查委员会机关合署,不计入政府机构个数)。保留人事局（机构编制委员会办公室为机构编制委员会的常设办事机构，与其合署）。保留物价局，为发展改革局管理的机构。（2）更改名称的机构：计划委员会改称为发展计划局、经济贸易委员会改称为经济贸易局、科学技术委员会改称为科学技术局、教育委员会改称为教育局、对外经济贸易委员会改称为对外贸易经济合作局（挂招商局牌子）、计划生育委员会改称为计划生育局。乡镇企业管理局改称为中小企业局，与经济贸易局合署。（3）撤销、合并和新组建的机构：撤销贸易局及财贸办公室，其职能划归经济贸易局和中小企业局。农业委员会与农业局合并，组建农业局。体育运动委员会与文化局合并，组建文化体育局。法制局改称为法制办公室，归区政府办公室管理。国有资产管理局改称为国有资产管理办公室，并入财政局，为财政局内设机构。财政局不再保留财政监督局。经济体制改革委员会办公室并入区政府办公室，为区政府办公室内设机构。建设委员会改称为建设局，为区政府直属正科级事业机构，授权行使有关行政管理职能。房地产管理局整建制转为事业单位，并入建设局，挂房地产管理局牌子。林业局、畜牧局、水产局调整为区政府直属正科级事业单位，授权行使有关行政管理职能。农业开发办公室调整为区政府直属正科级事业单位，授权行使有关行政管理职能。蔬菜局改称为蔬菜办公室，调整为归口农业局管理的正科级事业单位，授权行使有关行政管理职能。合并、并入部门原所属的事业单位，均随原主管部门的调整归属到新组建或并入的机构。2002年调整改革后，区政府机构设置为：（１）区政府办公室和工作部门21个：发展计划局、经济贸易局（中小企业局与其合署）、教育局、科学技术局、监察局（与纪律检查委员会机关合署）、民政局、司法局、财政局、人事局（机构编制委员会办公室与其合署）、劳动和社会保障局、交通局、水利局、农业局、卫生局、计划生育局、审计局、文化体育局、对外贸易经济合作局（挂招商局牌子）、统计局、粮食局、市公安局滨城区分局。(２）部门管理机构1个：物价局。
2005年，坚持以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，按照完善社会主义市场经济体制和深化行政管理体制改革的要求，坚持政企分开，精简、统一、效能和依法行政的原则，将发展计划局改组为发展和改革局，为政府工作部门。保留经济贸易局。撤销与经贸局合署的中小企业局，其职能并入经贸局。安全生产监督管理局由与经贸局合署办公，改为区政府工作部门，同时为安全生产委员会的常设办事机构。计划生育局改称为人口和计划生育局。建设局由政府直属事业单位改为政府工作部门，同时将房地产管理局从建设局中分离出来，为区政府直属财政拨款事业单位，暂授权行使有关行政管理职能。文化体育局改称文化旅游局。将体育管理职能从原文化体育局分离出来，成立体育局，与教育局合署。撤销旅游局，将有关管理职能并入文化旅游局。保留外事侨务办公室，挂贸易促进委员会牌子，为区政府直属财政拨款事业单位，暂授权行使有关行政职能。粮食局由区政府工作部门改为发展和改革局管理。成立商贸流通局，与经贸局合署。将卫生部门承担的食品、保健品、化妆品监督管理职能划入食品药品监督管理部门。
2005年，机构调整，区政府设置政府办公室和工作部门21个。监察局与区纪律检查委员会机关合署，列入区政府工作部门序列，不计入政府工作机构个数。另设置部门管理机构2个：物价局、粮食局，由发展和改革局管理。具体政府机构设置：(１）区政府工作部门：政府办公室、发展和改革局、经济贸易局（挂民营经济发展局牌子，商贸流通局与其合署）、教育局（体育局与其合署）、科学技术局、监察局（与纪律检查委员会机关合署）、民政局、司法局、财政局、人事局（机构编制委员会办公室与其合署）、劳动和社会保障局、交通局、水利局、农业局、卫生局、人口和计划生育局、审计局、文化旅游局、统计局、对外贸易经济合作局（挂招商局牌子）、建设局、安全生产监督管理局。(２）部门管理机构：物价局、粮食局。
截至2007年底，区政府机构无发生变动。
领导人更迭
市长（2000年12月改称区长）
李在峰 （1982.12～1984.05）
阎启俊 (1984.05～1988.10)
张英民 (代市长，1988.10～1990.04）(1990.04～1992.05)
杨永新 (代市长，1992.05～1993.02）(1993.02～1994.05
隆方同 (1994.05～1998.10)
王惠军 (代市长，1998.10～1999.03）(1999.03～2003.01)
张志华 (2003.01～2007.01)
赵建明 (2007.01～ )
副市长（2000年12月改称副区长）
崔全增 (1982.12～1984.05)
杨玉禄 (1982.12～1986.06)
阎启俊 (1982.12～1984.05)
宋书俊 (1982.12～1984.05)
张本松 (1986.06～1990.05)
彭永泉 (1984.05～1987.05)
祖秀华 (女，1984.05～1987.05)
栾绪仁 (1984.05～1987.05)
宋文义 (1984.05～1986.07)
任广胜 (1987.03～1990.03)
卢桂芳 (女，1987.03～1990.03)
王惠军 (1987.05～1993.02)
马元信 (1987.05～1989.12)
隆方同 (1990.04～1994.05)
王存友 (1990.04～1993.02)
王保民 (1990.04～1993.02)
陈子孟 (1990.04～1993.02)
秦善峰 (挂职，1990.04～1991.04）
侯振华 (挂职，1990.04～1991.04）
王金生 (女，1991.07～1998.01)
成乃长 (1995.04～1999.12)
刘立志 (1993.03～2000.01)
赵振祥 (1993.03～2003.01)
孙剑锋 (市长助理，1992.10～1993.05）(1993.05～1998.01)
顾清森 (1993.10～2003.01)
曹玉斌 (市长助理，1998.03～2000.02）(2000.02～2002.12)
王守照 (市长助理，1997.12～2000.01）
隽大福 (挂职，1991.07～1992.10）
李 玲 (挂职 女，1994.03～1995.09）
王 力 (挂职，1994.03～1995.09）
李继文 (挂职，1994.03～1995.09）
王增利 (挂职，1994.03～1995.09）
赵淑芬 (挂职 女，1995.09～1996.05）
汤吉瑜 (挂职，1995.12～1996.05）
李靖宇 (挂职，1997.07～1998.07）
林彦春 (挂职，1997.07～1998.07）
高景林 (挂职，1997.12～ ?）
周 波 (挂职，1997.12～ ?）
孙富臣 (挂职，1998.09～ ?）
崔永高 (2000.02～2005.01)
张英峰 (2000.02～2007.12)
尹建华 (女，2000.02～2007.12)
贾善银 (区长助理，2000.05～2003.01）(2003.01～2006.04)
崔海涛 (挂职，2000.07～2001.11）
李云峰 (挂职，2000.08～2001.08）
邹继刚 (2003.01～2006.11)
赵立军 (2003.01～ )
王炳照 (区长助理，2003.08～2005.12）(2005.12～ )
刘焕田 (2004.06～2005.09)
王进东 (2006.04～ )
王忠亭 (2007.01～ )
闫士柱 (区长助理，2003.09～2005.09）
荆晓玲 (女，2007.12～ )
郑振亮 (2007.12～ )
胡洪涛 (区长助理，2005.09～ ）
王秀桐 (区长助理，2004.09～ ）
王宏业 (区长助理，2006.07～ ）