保密工作由保密局按照国家有关保密法规政策负责实施。
1989年5月，实施《中华人民共和国保守国家秘密法》。1990年4月，实施《中华人民共和国保守国家秘密法实施办法》。同年8月，开始实施国家保密局会同政府六部委制定的《印刷、复印等行业复制国家秘密载体暂行管理办法》。1993年8月，开始实施国家保密局制定的《对外经济合作提供资料保密暂行规定》。1995年4月，开始实施国家保密局、海关总署印发的《关于禁止邮寄或非法携运国家秘密文件、资料和其他物品出境的规定》，明确携运国家秘密文件、资料和其他物品出境必须经保密部门审查批准，否则海关将予以扣留并通知当地保密部门。1997年开始，贯彻执行国家保密局会同中央及国务院各部委、部门制定的各种“国家秘密及密级具体范围的规定”，保密工作走上规范化。
2000年1月，贯彻执行国务院转发国家保密局《计算机信息系统国际联网保密管理规定》。从此开始，保密工作由文件、资料管理为重点，逐渐转向以计算机及其网络、办公自动化保密管理为重点。2003年12月，贯彻执行国家科委、国家保密局《科学技术保密规定》。2005年，全面贯彻执行上级保密部门的若干规范性文件和标准，保密行政管理工作进一步走上法制化。保密工作重点由保护传统的党、政、军核心秘密，到保护关系到国家安全和利益的经济、科技、商业、测绘、地质等国家秘密。
保密局在每个时期都遵照党的有关规定和制度，认真作好保密工作，从未发生过泄密事件。