1982年，全市卫生系统仍实行计划经济体制下的管理模式，市属医疗机构4处，且医疗设备配置落后，难以满足诊疗需求。1987年开展初级卫生保健达标工作，每村设一处卫生室，医疗机构增至836处，就医水平有所发展。1988年起进行管理体制改革，推行院长负责制和目标管理责任制，改革分配制度，实行全员聘任制和竞争上岗制，双向选择，初步建立起有责任、有竞争、有激励、有约束的良性运行机制。1994年开展创建“爱婴医院”活动，市立医院、滨州市第二人民医院成为滨州市首批“爱婴医院”。2000年所有设置产科、儿科的乡镇卫生院也全部达到“爱婴医院”标准，滨州市（滨城区）成为“爱婴市”。2007年实行乡村卫生一体化管理，建中心卫生室128处，全区医疗机构共149处，拥有床位573张，卫生技术人员1440人，医疗卫生服务实现农村全覆盖。医院诊疗水平也快速发展，能开展常规手术及一些大型手术，配有CT、彩超等大型医疗设备，基本满足患者需要。38.76万农民参加新型农村合作医疗，参合率达到98.6%。城镇职工由沿用已久的公费医疗制度改革为基本医疗保险制度，并覆盖全区行政机关、企事业单位。传染病地方病无发生，计划免疫实现三个85%目标，“四苗”接种率达90%以上。爱国卫生运动常抓不懈，1987年就被评为省“无鼠害市”；1992年成为全国经济欠发达地区的第一座国家级卫生城。红十字会充分发挥自身功能，在扶危济困、赈灾救济等方面经常性开展慈善活动，帮助弱势群体，参与重大突发事件的救助工作。