1994年8月，滨州市地方税务局稽查队成立，主要发挥以查促收、以查促管的作用，协助征收单位清缴欠税、打击偷逃抗税、清除税收中的“钉子户”、“难缠户”。对重点税源单位进行检查，对部分企业的所得税、房产税、投资方向调节税等进行重点检查，组织个人所得税专项检查；检查中遵循“三勤”（即勤问、勤看、勤动脑）、“一细一严一快”(处理问题要细，定案要严，入库要快)的检查原则；推行稽查目标责任制。在不到4个月的时间里，查补偷漏税款100多万元。1995年，采取不定期检查和专项检查相结合的方法，先后对饮食、娱乐业、建筑安装业、房屋租赁、个人所得税等进行专项检查，共查补偷漏税款200多万元。1996年，滨州市地方税务局稽查分局成立，年内共查补偷逃税款500多万元。1997年，根据滨州地区地税局部署，上半年对照相、餐饮服务业进行专项检查，下半年对个体、私营业户和车船使用税进行检查，共查补偷逃税款420多万元。1998年，建立上下一体化税务稽查体系，形成以稽查分局为龙头，各征收单位齐抓共管的稽查网络；健全完善稽查工作制度，严格《稽查工作规程》，共查补偷逃税款900多万元。
1999～2000年，建立征收、稽查相互制约、相互结合的机构设置体系。改革征收、稽查一体化的征管模式，实行征、查分离。征收部门主要负责税务登记、纳税申报、发票发售、税款征收、政策咨询等工作；稽查部门主要负责税款催缴、日常检查、专项检查、专案检查。按照《税务稽查工作规程》要求，在内部全部实行选案、检查、审理、执行四分离工作机制，稽查工作更加规范。2001年5月1日，实施修正的《中华人民共和国税收征收管理法》，进一步明确稽查局的执法主体资格，明确稽查局专司偷税、逃避追缴欠税、骗税、抗税案件的查处。同年10月，滨城区地税局与公安分局成立“打击涉税犯罪联合办公室”，负责全区所有涉及地方税务局管辖税费的违法犯罪案件的查处工作，严厉打击偷、逃、抗税不法行为，整顿和规范税收秩序。2002年，基本形成“集中征收，重点稽查”的格局，建立与新的征管模式相适应的稽查局，专项稽查与征收单位日常检查相结合的稽查体系。共检查业户103户，入库税款、罚款263万元，完成稽查收入目标623万元。2003年，稽查格局改变，稽查局负责组织和实施所有税务举报投诉案件、汇缴检查和各种专项检查，各分局予以协助，滞补罚等各项收入按属地原则、按规定级次由各分局组织入库，作为各分局的收入，同时作为稽查局收入目标，充分调动积极性。稽查局接市局举报案件3件，受理群众举报18件，查补税款1060余万元，入库税款1010万元。
2004～2007年，稽查局将工作目标定位在“以查促收、以查促管、以查促税收执法”上来，严厉查处涉税违法案件，依法加大对重大涉税案件的处罚力度，杜绝以补代罚、以罚代刑。建立完善首查责任制，增强责任意识，提高检查、办案的能力和水平，加快办案速度。加强上下级之间，国税地税之间以及跨地区税务部门之间的配合，密切同公安部门的配合，协同办案，形成打击涉税违法行为的合力，建立健全联合打击涉税违法犯罪行为的长效机制。共检查300多户，查补税款5000万元。