1994年，滨州市地方税收基本沿用以往的税收征管方式。实行上门纳税申报制度，征、管、查三分离。建立健全征管档案管理制度，实行一户一档。1995～1996年，按照滨州地区地税局《关于地方税收征收管理改革的意见》《关于深化税收征收管理改革的意见》《地方税收管理现代化建设实施方案》，加快建设现代化的办税服务厅，使征收管理的各个环节纳入计算机管理，取消专管员制度。1996年，根据国家税务总局关于换发税务登记证件的通知, 对已办理过税务登记的纳税人，重新进行税务登记换证。1997年，在餐饮业推行定额发票，开展“以票管税”。1998年，确定“打实管理基础，规范征纳行为，加大执法力度”，进一步规范税务执法程序。同年，定额发票逐步扩大到娱乐、旅店等行业，并鼓励消费者积极索要发票，达到“以票管税”的目的。同年，建起标准化的办税服务厅，初步实现城市征管现代化。乡村税收征管积极探索社会化综合治理，加强对零散性、流动性、隐蔽性税收的征管，推行联片管理。1999年，推行“三个一”改革：一个征收机关改革，在市区只设一个征收机关，实行集中管理、统一征收、收入分级入库的管理方式；一家检查认可制度，只要纳税人合法经营，按时申报，依法纳税，无群众举报，只通过一年一度的汇算清缴工作检查一次；“一条龙”服务，实行公开办税和税务登记、纳税申报、发票发售、税务咨询、税款征收服务，使纳税业务在办税服务厅得到全部解决。同年，撤销基层税务所、建立征收分局，全面实现微机开票，实现省、地、县市、征收分局四级联网。是年，按照《滨州地区个人所得税、营业税等税种代扣代缴、委托代征管理暂行办法》，对代扣代缴、委托代征工作作出具体规定。
2000年3月，为进一步加强对零散性、流动性、隐蔽性税收的征管，全面实施集执法、征管、服务、宣传、监督于一体的地税“111”服务工程，确定“服务经济，服务社会，服务纳税人，为国聚财，为民造福”的服务宗旨，作出“一拨就通，一问就答，一叫就到”的服务承诺，开展政策咨询，解答税收疑难，接收监督投诉，受理涉税举报，听取意见建议，提供经济发展信息，为纳税人牵线搭桥。各基层征收分局配备地税“111”服务车，在征期内无偿为位置偏远、交通不便、老弱病残、农忙季节的纳税人提供上门服务。同年9月，按照“政府管税、税务部门依法治税，社会协税护税”的总体要求，建立起“以地方党委政府组织领导为基础，地税部门征收、管理、稽查为主体，业户自行申报纳税为前提，协税护税组织监督促缴为保证”的农村协税护税新机制，加强了对乡村税收的控管。
2003年，进一步健全完善协税护税网络，在征收分局、办事处、村建立三级税源管理台账，详细登记纳税户数、应纳税额及应税车辆情况，并纳入微机管理，实行有效监控。实行“三榜制”(纳税人情况、缴纳税额、已缴纳税额情况在村中张榜公布公示)，将纳税业户控管情况、税额核定情况、税款缴纳及处罚情况定期张榜公布。加强综合治税工作的组织领导，设置社会综合治税办公室。与滨城区发展计划局等33个部门联合印发“关于实行综合治税、加强部门配合做好地方税收征管工作的通知”，规范委托代征和代扣代缴，促进了税收源泉控管。同年，开发交通运输业征管软件，集税源管理、税款代征、发票管理等工作于一体，与公路、交警、农机部门密切配合，严把“四关”（车辆规费征收关、新车挂牌关、车辆年审关、农机管理关），加强运输车辆税收的代扣代征和委托代缴；制作IC纳税卡，实现了“划卡办税，纳税协查，发票开具，税款报解”等一连串工作的“一卡通”，强化了交通运输业税收源头控管。
2004年，启用新版地税发票，安装使用40多台税控机，推行发票刮奖、摇奖办法，实行有奖举报措施，即开即奖发票共兑奖6101人次，兑付奖金69690元；查处发票举报案件32件，罚款1200元；同年，全面实施“双委托”（地税机关委托银行〈主要包括各类商业银行，信用社、邮政储蓄机构等〉营业网点〈以下简称银行网点〉代征税款，纳税人委托银行网点代缴税款）管理办法，开展“征管质量月”活动，“双委托”业户达到4027户，占定期定额户的80%以上。建立健全区、乡、管区、村四级社会综合治税领导机构，与35个单位和部门签订协议，成立打击涉税犯罪联络办公室，累计采集涉税信息121486条，涉税金额284万元，代征代扣税款近2000万元。同年9月，推出纳税评估制度，通过采集企业数据，对纳税人的申报数据利用指标分析、逻辑校验、零负申报、外部信息采集、发票稽核等各种分析方法进行评估，从中发现申报有问题的纳税人，并对其进行更正和处罚，以起到监控、规范纳税人申报目的。设立纳税服务中心，集城区三个征收分局的税务登记、申报征收、发票发售、咨询服务于一体，实行“一站式”服务模式。
2005年，推行“区局、征收分局、征管责任区”三级征管责任制管理，明确划分内部岗责，进行定岗、定责、定员，进一步规范工作流程和业务衔接。开展“执法相对人监督评议执法人员”活动，纳税人对税收执法人员的执法行为进行监督和意见反馈。通过定期发放《税收执法监督评议表》《征管责任区税收管理员执法监督评议卡》《征求意见函》，聘请社会特邀监察员等方式加强监督，进一步规范税收执法行为。2006年，组织开发“一户式”(将征管系统、增值税管理信息系统和出口退税系统等在数据层进行整合，将分散在各个不同系统、不同业务模块中的查询功能按照“一户式”的要求进行整理、筛选、归并，实现对纳税人信息 “一户式” 查询、管理和存储 )综合数据管理信息系统，统一了数据指标口径和采集标准，加强了录、审、调、存、传、用等各环节的管理。在纳税业户中成功推广远程电子报税，电子申报率达90%以上。在全区企业开展纳税信用等级评定，按纳税信用、遵纪守法等内容进行评定，以百分制按得分多少评定为A、B、C、D四级，促进企业遵纪守法、依法纳税。对年纳税额在30万元以上的重点税源企业，建立严密有效的监控体系，定期进行税负调查分析，实行专人管理模式。2007年，推广房地产税收一体化管理模式，发挥乡镇办、社区的综合治税职能作用，着重对租房、装房的地方税收加强控管。同年，开展优化税收结构工作，按照“存量结构调整，增量结构优化，扩大地方税基，壮大地方财力，实现又好又快发展”的总体思路，二、三产业剥离20户，实现地税收入1138.84万元。开展省级数据“大集中”工作，并成功上线运行，实现征管数据的全省共享。