1982年8月2日设立滨州市财税局，内设办公室、农财科、企财科、预算科、税政科，下设4个税务所：北镇税务所、彭李税务所、郭集税务所、小营税务所。1984年7月，财税分设，正式建立滨州市税务局，为正科级行政单位，下辖4个税务所和1个稽征处。1987年3月20日，滨县税务局并入滨州市税务局，下辖14个乡镇办税务所，2个国合所（北镇国合所、滨城国合所）和1个稽征处。1988年，设立专司税务稽查的税收稽查队。与市检察院组建税务检察室。1989年1月，内设人秘科、行政科、征管科等8个职能科室。下辖15个乡镇办税务所、1个国合企业所、1个国合所和1个稽征处。1991年1月，内设行政科、征管科等12个职能科室，下辖17个乡镇办税务所、1个国合企业所、1个国合所和1个稽查处。
1994年，税务系统按体系和收入归属，分设中央税、地方税两大征税机构体系。8月，滨州市国家税务局成立，内设办公室、征管科、税管科、人事科、政工科、监察室、计会科和稽查局，下辖17个基层税务所。1995年，进行城区税收征管改革，设立地直企业征收分局和市直企业征收分局。1996年6月，进行农村税收征收机构改革和征管改革，合并成立小营、市东、滨城、杜店4个征收分局。
1997年6月，根据滨州地区国家税务局机构改革方案，撤销滨州市国家税务局，成立滨州地区市区国家税务局，为副县级单位。对内部科室、分局进行重新组建调整，撤销地直、市直企业征收分局、征收管理科、税收管理科、计会科，组建征收计会科、综合管理科、发票管理科和涉外征收分局。2001年1月16日，改称滨州市市区国家税务局，机构规格不变。同年进行机构人事改革，内设机构由16个收缩为11个，杜店分局上划为滨州市国税局直属分局。2003年，实施扁平化管理，对部分科室进行调整。设5个行政科室、4个税源管理科、1个纳税服务科、2个事业单位（信息中心、发票管理所）和滨北、市东、小营3个管理分局。2005年8月，有5个行政科室：办公室、税政管理科、征收管理科、人事教育科、监察室；2个税源管理科（其中二科专司稽查工作）；4个分局：滨北、市东、小营、里则。市东分局内设3个股级单位，新成立办税服务厅，成为一个独立专司纳税服务机构。2007年，机构未变化。