1982年11月1日，设立滨州市农林牧渔业局。1983年9月，设立滨州市农业技术推广站、滨州市植物保护站、滨州市畜牧兽医站、滨州市渔业技术推广站、滨州市农业机械管理站、滨州市种子站。1985年4月23日，设立滨州市植物保护服务公司，公司与市植保站一个机构两块牌子。8月21日，设立中央农业广播电视学校滨州分校。1986年10月18日，设立滨州市土地管理办公室，由农林牧渔业局代管。1987年3月20日，滨县农牧渔业局并入滨州市农林牧渔业局。同时，设滨州市农业委员会，副县级单位。8月6日，设立滨州市农业技术推广中心，隶属滨州市农林牧渔业局领导。1988年12月29日，滨州市农业委员会与滨州市农林牧渔业局合署办公，滨州市农业委员会规格随之降为正科级，一个机构两块牌子，下设农委办公室、政工办公室、黄淮海平原农业开发办公室。同时撤销种子站，设立滨州市种子公司；撤销杜店棉花原种场，改为滨州市良种棉加工厂，实行企业化管理。
1992年3月，设立农业局，与农业委员会分署办公。农业委员会下设：农业综合开发领导小组办公室、棉花生产办公室。农业局内部机构调整为行政科室4个：办公室、政工科、计财科、农民负担监督管理办公室；事业科站8个：农技站、植保站、农经站、土肥站、植物检疫站、能源环保站、农药监督管理站、中央农业广播学校滨州分校；下属事业单位2个：种子公司、良种棉加工厂。1995年7月，设人工增雨防雹办公室，归口农业委员会。1997年，农业局内部增设农业资源区划办公室。
2000年12月，滨州市农业局改称滨城区农业局，滨州市农业委员会改称滨城区农业委员会。2002年7月，区农业委员会、科技示范园办公室并入区农业局。内设机构调整为行政科室5个：人事科、办公室、计财科、生产科、农民负担监督管理办公室（副科级）；事业单位11个：农技站、植保站、土肥站、农经站、检疫站、农药监督管理办公室、棉花生产办公室、人工增雨防雹办公室、能源环保站、行政管理办公室、中央农业广播学校滨城分校（副科级）；下属副科级事业单位2个：滨州市良种棉加工厂、滨州市种子公司。2004年4月，撤销人工增雨防雹办公室，其职能划归滨州市气象局。