1982年，滨州市环保局开始征收排污费。1991年全年征收排污费不足100万元，交费企事业单位43个。1991年后，加大环保执法力度，征收面不断扩大，收费额逐年提高。1996年，根据《国务院关于环境保护若干问题的决定》精神要求，联合工商局、乡镇企业局等有关部门联合调查、摸底，全市列入“十五土（小）企业”的计12家，其中，小造纸2家，小电镀3家，小炼油3家，小化工4家，均为村办或个体私营企业，污染严重，12月底，对12家企业全部关停。
2001年，开通12369环保热线，向社会承诺，市区内接到污染事故电话15分钟到达现场，市外30分钟到达事故现场。2002年，群众举报滨城区汽车配件城有人进行非法炼铁，严重污染环境，区政府及时下达《关于关停配件城熔铸厂的通知》，环保部门会同公安、工商、电业等部门对滨州汽车配件城内的5家违法炼铁企业依法予以实施关停。2003年，滨城环保分局严肃查处市东办事处天王堂村张宪泉违法倾倒固废、杜店镇棒棰孙村小炼油以及尚集乡艾家村塑料加工案。
2004年，省、市两级政府对环境违法排污企业进行明察暗访，滨城区黄河造纸、金汇玉米、安琪酵母等公司被查出超标排污，受到停产整顿、限期治理的处罚。2005年9月14日，根据市政府《关于对部分违反环境保护法律法规企业查处情况的通报》精神，对滨城区7家企业责令限期关停、搬迁、停产治理，直到污水达标排放。对市政府通报的泰和印染、瑞恒染织等企业进行现场勘察，要求企业制定整改方案，强化管理措施，确保稳定达标排放。对此，区政府及时印发《关于责令部分违反环境保护法律法规企业关停、停产治理和限期搬迁的通知》和《关于责令市农药厂和侨昌农药总厂关停并限期搬迁的通知》，明确要求有关企业要制定有效的关停、治理或搬迁方案，并采取有利措施，严格落实，确保污水达标排放。
同年11月1日起，对侨昌农药总厂、市农药厂进行不间断的督查，要求关停搬迁企业倒排工期，制定详细的关停搬迁计划，定出工作进度时间表，确保完成停产搬迁任务。2006年底，滨州黄河造纸有限公司彻底关停。侨昌农药、市农药厂在关停污染严重生产线的基础上，至2007年3月所有生产线关停并搬出城区。6月，安琪酵母有限公司、天阳化工完成关停搬迁，搬出城区。