【爱国卫生运动】 1999年，市爱国卫生委员会（简称爱卫会）机构设置、隶属关系和业务范围未变，工作人员4人。年内，爱卫会在全市范围内大力开展爱国卫生运动，积极创建“卫生镇”“卫生村”，搞好卫生先进单位评比，使全市卫生面貌有了很大改观。卫生局、园林局、地税局、畜牧与乳品局、金都大厦被评为威海市级卫生先进单位。
创建卫生镇 各镇政府积极开展以创建“卫生镇”为目标的活动，在驻地推行建房统一规划、道路硬化、环境绿化美化及家庭卫生建设等项工作，使镇容镇貌焕然一新。是年，苘山镇被评为国家卫生镇，泽库镇、文城镇、张家产镇被评为威海市卫生先进镇。
【食品卫生】 1999年，全市有食品经营单位3804个，其中食品加工业49个，宾馆、饭店524个，流动商贩2832个，从业人员6902人。年内，卫生、工商、公安部门联手行动，重点整顿市区夜市及街头食品摊点脏、乱、差状况，对无证经营者予以取缔，对违反食品法者吊销执照、没收伪劣食品。经过治理，经营卫生状况有了明显改善。市卫生防疫站全年监督检查食品经营单位15513次，检查食品1120份，合格率92%；并对伪劣食品予以没收，对全部从业人员进行查体。全年未发生集体食品中毒事件。
【劳动卫生】 1999年，全市有厂矿企业270个，生产工人38980人，卫生防疫部门对其中2400名接触粉尘毒有害作业工人进行健康查体，未发现职业病患者。防疫医生还深入到现场第一线向工人讲解自我防护知识。年内对126家厂矿的446个作业点进行监测，合格325个，占72.9%。其中粉尘作业点104个合格，占 74.3%；物理因素作业点140个合格，占71.4%；化学因素作业点81个合格，占73.6%。而乡镇企业监测作业点合格率仅为67.6%，集体企业化学因素作业点合格率仅为47.5%，低于全市平均数。
【传染病防治】
普遍传染病防治 1999年，全市共报告乙类传染病11种811例，死亡1例。报告传染病总发病率为 121.63/10万，总死亡率为0.15/10万，处于全国较低水平。其中细菌性疾病210例、淋病110例、肺结核138例、梅毒37例、麻疹20例、猩红热6例、百日咳3例、疟疾2例、伤寒1例，流行性出血热35例（死亡1例）。流行性出血热首次发现在文登流行，分布于12个镇24个自然村，男24例，女11例；职业上以农民为主，占77.1%；时间以上半年为主，占88.6%。疫情发生后，威海、文登两级政府高度重视，各级领导亲临疫区指导防病治病工作。同时在全市开展2次大规模的灭鼠活动，卫生部门对疫点进行严格的消毒处理，对易感人群进行疫苗接种，有效地控制了出血热的流行。
结核病防治 1999年，全市共发现活动性肺结核138人，具有传染性88人，是近10年来发现新病人最多的1年。防治人员对免费治疗的强化期病人每月访视1次，督导正规治疗。全年访视病人400余人次，书写督导报告250余份，治疗率达95%。
皮肤病防治 1999年，在麻风病康复项目的基础上，除积极控制65岁以下，有明显康复意义患者的红眼、皲裂及溃疡复发外，卫生防疫部门还对所有治愈患者讲解自我护理知识，防止畸残发生或加重，并对其进行一次全面查体，未发现新的畸残病人；同时对一些重点人群如司机、路边店服务员等加大监测力度。全市报告性病患者702人，其中梅毒50人，比往年增加，皆给予有效治疗。是年，三病防治院副院长蒋绍君被卫生部马海德基金会授予“马海德基金奖”。
【精神病防治】 1999年，全市出院病人约700人，比1998年略有增长。市二院继续采用中、西药物相结合方法治疗门诊病人和住院病人，并对“社会心理治疗对双相性精神障碍的作用的研究”课题进行立项，加强研究。