2000年9月，成立排水管理处、康龙排水有限公司，负责实施全市排水设施的建设、改造；许可管理排入城市的工业和生活污水；征收行政区域内用水户的污水处理费；污水处理厂及城市排水管网的建设、维护、管理。2003年，排水管理处与康龙排水有限公司合署办公，一套机构、两块牌子。共有工作人员50人。2005年7月，排水管理处与康龙排水有限公司实现管运分离。共有人员58人，其中排水管理处11人，排水公司47人。2007年，工作人员63人，其中排水管理处13人，排水公司50人。排水管理处下设办公室、财务科、收费科、排水管理科、管网维护科、规划建设科。排水公司下设办公室、财务科、化验科、生产安全科。
2003～2007年，排水管理处充分发挥监督管理职能，加强污水处理运营监管力度，征收污水处理费，规范企业排水行为。排水公司完善企业管理制度，提高职工技术水平，确保污水处理设施正常运营。2007年，被省建设厅评为2005～2007年度“省级花园式单位”。
2003年，市建筑安装工程公司完成中标承建的污水处理厂配套管网工程（FC1）。工程沿龙山河、康王河铺设截污管网19.5公里，回用水管线8.04公里。2004年，污水处理厂厂区土建工程（FC2）和设备供货与安装工程（FG1），竣工通水试运行。污水处理厂占地5万平方米，采取普通氧化沟工艺，日处理污水4万吨，中水回用2万吨。11月，正式运行向龙山河上游供水，出水水质达到设计标准——国家二级处理水出水标准。2005年5月，制定实施《污水处理费征收管理办法》、《肥城市城市排水管理办法》。同年6月，开工建设康王河污水管网工程。2006年8月，利用世行剩余贷款追加设备采购合同（FG4）开标，北京英世腾机械工程技术有限公司中标。10月，除磷脱氮工程开标，由泰安同兴建筑安装公司承建。建设9000立方米厌氧池一座，铺设、改造工艺管道764米，通过增加厌氧时间，加大回流量，使磷和氨氮有效降解挥发，氨氮去除率达到80%以上。12月，康王河污水管网工程建设完成。共铺设DN600～1000的污水管道5.95公里，回用水管道6.2公里，疏通污水管道1.5公里，沿线单位污水接入城市主干管。2007年7月，开工建设污水处理厂改造及中水利用扩容工程（即一级A出水达标工程）。出水深度处理水通过过滤池，采用纤维滤料和气水反冲洗技术消除悬浮物和内层泥球，增强截污能力，通过紫外线消毒设备，出水达到一级A排放标准，可作为工业循环用水。工程主要包括滤池、清水池、消毒池、泵房、变电室及设备安装。8月，开工建设污泥厂外处置工程，利用污水处理厂产生的污泥好氧发酵工艺进行生物处理后生产优质复合肥。同月，除磷脱氮工程完成并通水试运行。12月，污水处理厂改造及中水利用扩容工程竣工投入试运行。（刘 燕）