2003年，市交通局设人秘科、政策法规科、财务审计科、安全科技科、公路科5个职能科室，下设运输管理所、交通稽查、汽车维修、出租车管理办公室和14处乡镇交管所等管理机构。行政编制15人，事业编制180人。2005年11月，成立市乡公路管理办公室，一级事业单位，核定编制5人。至2007年，共有行政人员12人，事业人员229人。辖公路局、市乡公路管理办公室2个一级事业单位，交通运输管理所、交通稽查大队、出租车管理办公室、堽城坝路桥收费站4个二级事业单位和市交通运输有限公司1家企业单位。
2003～2007年，交通工作以满足经济社会发展，提供经济支撑为出发点，全力构筑交通公路网络，优化交通运输市场环境，提高交通依法行政管理水平，实现超常规、跨越式发展。①完善“五纵五横”（五纵：潮汶、济微、孙牛、湖王、肥梁公路；五横：老泰临、薛馆、王边、泰东、孙汶公路）路网规划。2003年，实施“五纵五横”路网规划，遵循高起点规划、高质量建设的要求，每年建设一条高标准等级公路。5年累计投入资金15.1亿元，新建和改造公路1661.9公里，其中拓宽改造省级干线公路137公里，新建县乡公路237.5公里，城市道路85公里，完成“村村通”工程1202.4公里，全市等级公路密度达到138公里/百平方公里，行政村通油路率100%，实现乡镇通二级路、村村通等级路，形成四通八达、纵横交错、城乡互通、村村相连的大交通框架。②运输市场管理规范有序。货运管理，监督检查危险品运输市场，严把市场准入关，加强运输车辆技术管理、人员培训，健全车辆档案，危险品运输市场逐步规范化、科技化。被泰安市交通局评为危险品治理示范单位。以源头驻在管理为突破口，深入石横特钢厂、肥城矿业集团等大型企业开展综合治理，顺利通过省交通厅验收，加大对未进驻源头单位的巡查监管，严厉查处扰乱货运市场秩序的“黑车”、“黑户”以及超限超载、擅自改造、偷漏规费的不法业户。2007年，查处各类违法案件90余起，收缴罚款50余万元，清理黑车黑户60多辆。客运管理，2003年7月，开展整治客运市场活动，全市420辆客运车辆全部纳入客运公司管理。其中，280辆出租车按照“统一车型、统一标准、统一计价器、统一牌照、统一规费”标准，实施运营。2004年，按照“路通到哪里，车就到哪里”的原则，整合农村线路，调整、延伸线路20条，在乡镇交管所新建农村客运站，修建港湾式站亭43个，停靠站牌176个，方便近50万群众出行，行政村通车率达到100％。③精神文明建设成效显著。以“保持党员先进性”和“三级联创”为契机，开展形式多样的党员教育活动，建立党员教育长效机制，被泰安市委授予“保持党员先进性教育先进单位”。2007年，开展交通文化建设年活动，确立以“欣赏他人、欣赏自己、欣赏工作”为主题的欣赏文化，出版了《肥城交通文化手册》。
市交通局连续8年被省交通厅评为“省级文明行业”，2004年被省委授予“先进基层党组织”荣誉称号，被泰安市委授予“泰安市‘五个好’市直部门”荣誉称号。2006年被省文明委评为“省级文明机关”。2003～2005年，连续3年被省政府、省交通厅授予“全省农村公路改造先进单位”荣誉称号。2003～2007年，受上级党政部门和业务主管部门表彰奖励200余次，个人受表彰400余人次。