5年中，市国税局积极推进税收科学化、精细化管理，加强征管长效机制建设，税收管理水平和征管质量效率得到全面提高。2003年，税务登记等行政审批事项进驻市行政审批中心。提出“全程融合式服务”的理念，强调为纳税人提供涉税事项“事前、事中、事后”的全程跟踪式服务，出台规范执法标准，区别不同对象，提供个性化服务等一系列服务举措，构建服务体系，提升了服务水平。同年，开展普通发票即开即兑奖励和违章举报奖励活动，成为提高普通发票管理质量、促进以票管税和加强全面开票制度落实的一项重要举措。2004年，个体工商业户起征点提高，销售货物个体工商业户起征点提高至5000元、销售应税劳务个体工商业户起征点提高至3000元，收到调节经济，藏富于民的效果。年内，开展企业类纳税人纳税信用等级评定工作，评选出A级纳税企业4户，B级纳税企业1111户，C级纳税企业209户，D级纳税企业5户。2005年，推行税收管理员制度，形成严密可行的工作流程，税务机关的税源管理职责更为明晰，流程更加科学。2006年3月，组织开展宏观税负调查分析工作，抽调业务骨干组成11个调查组，对重点企业开展重点调查分析，小规模企业及专案进行重点调查，共调查纳税人7628户次，查补税款、滞纳金8075万元。7月，上线运行中国税收征管信息系统V2.0版，完成V2.0模拟运行、V2.0数据审核修改补录、双轨运行、独立运行等十个阶段性工作，实现税收征管数据全省集中，开创国税征管信息工作新局面。10～11月，完成纳税人税务登记换发工作，换证率100％。开展依据企业类纳税人2004～2005年纳税信息第二次信用等级评定工作。2007年，制定个体工商户税源管理操作规范，税收预警系统上线运行，山东省国家税务局外部信息应用管理系统在肥城局与全省同步上线运行，实现国税登记信息与工商、质检、统计、地税部门登记信息的传递与共享。