王瓜店镇位于肥城市西北部7公里处，地理坐标为东经116°38′～116°44′，北纬36°09′～36°16′。南北长14公里，东西宽8公里。北临长清区双泉镇以穆阁寨、云山为界；南与桃园镇为邻；东与老城镇、新城办事处接壤；西与湖屯镇毗连。全镇总面积91.8平方公里，总人口8.4万人，其中，非农业人口2.3万人，人口密度为每平方公里915人。全镇32个行政村，51个自然村。津浦铁路支线泰肥铁路横穿东西，泰临公路、肥梁公路、老泰临路、孙牛路穿越镜内。
王瓜店镇南北部为山地丘陵，中部为平原。北部牛山主峰穆阁寨，海拔524米；南部是海拔180米以下的白云山等，平原海拔110米。全镇境内大小河流5条，康王河横亘本镇，是最大河流。
王瓜店镇属温带大陆性季风气候，四季分明。春季干燥多风，夏季炎热多雨，秋季晴朗气爽，冬季寒冷少雪。年平均气温13℃，全年日照时间为2624小时。
王瓜店镇资源丰富。全镇共有耕地4135.4公顷，土地肥沃，灌溉便利，主要产小麦、玉米等。镜内含煤区域6.4平方公里，总储量3188万吨；花岗岩、云母储量丰富。南部山区石灰石储量2.6亿吨，康王河床砂资源1800万立方米。