2004年，取消土地管理部门土地出让金过渡户，设立国有土地使用有偿使用收入财政专户，实行收支两条线管理，清理2001～2004年5月土地征用费用收取情况，土地资金收支工作全部纳入财政出让金专户管理核算。2007年，土地出让收支全额纳入地方基金预算管理，收入缴入地方国库，支出通过地方基金预算从土地出让收入中予以安排。在地方国库中设立专账，核算土地出让收入和支出情况。实行“一条渠道进水、一个池子蓄水、一个龙头放水”管理机制。划出土地收益资金的5%，建立国有土地收益基金制度，用于土地收购储备。提取农业土地开发资金20%，建立农业土地开发制度，部分用于农业土地开发。提取土地出让净收益10%，建立城镇廉租住房保障制度，用于城镇廉租住房制度建设。提取按照缴入地方国库的招标、拍卖、挂牌和协议方式出让国有土地使用权所取得总成交价款的5%，建立补助被征地农民社会保障制度，补助被征地农民资金（失地农民基本生活保障资金）。建立基金预算制度，国有土地使用权出让收支管理的土地价款纳入政府基金预算管理，收入缴入国库，支出通过政府基金预算从土地出让收入中予以安排，实行“收支两条线”管理，通过非税收入征缴系统全额就地缴入国库。完善监督检查制度，土地使用不按土地出让合同、征地协议等约定及时足额缴纳土地出让收入，按日加收1‰违约金。