2003年，推行“票款分离”或“罚缴分离”制度，实现“从源头上控制收入一个进口，管理一个渠道”。2004年，“票款分离”收缴系统升级，更新申报收费执行编码500多项，新申报项目26个。2005年，印发《关于规范市直行政事业单位房屋租赁收入管理的通知》，收费基金、国有资源（资产）有偿使用收入、国有资本经营收益、彩票公益金等非税收入，逐步纳入非税收入财政专户管理，实现非税收入管理的规范化、科学化、制度化。建立以综合预算为基础，以事中监控为中心，以必要的检查为补充，相互协作、相互制约的非税收入监控运作机制。实行一般单位随机查、收支大户按季查、专项资金专项查、重点单位重点查、单位全年有抽查、执法部门联合查“六查”制度，实现“征、管、查”有机结合。2006年，停用旧版票据，启用新版《山东省非税收入缴款书》、《山东省往来结算统一收据》、《山东省代收罚没款票据》等财政票据，100多家执收执罚单位换领新版票据。建立健全票据专管员、《票据准购证》、票据月缴销和票据用量季报等票据管理四项制度。全市116所农村中小学校收费实行“收支两条线”管理，统一使用财政部门的非税收入缴款书，通过代收银行缴入财政专户。矿山地质环境治理保证金实行票款分离，纳入财政专户管理。2007年，实施《山东省非税收入征收管理系统》，全市执收部门收费项目重新清理登记，建立执收单位信息档案。乡镇、办事处业务网点开办“票款分离”代收业务，启动以《山东省非税收入缴款书》为主的新的财政票据体系，并纳入非税收入征收管理系统，实现政府非税收入“票款同步、以票管收”规范管理。市政府制定《肥城市城市户外广告资源有偿使用管理办法》，城市户外广告资源使用权出让费全额纳入财政管理，实行“收支两条线”。制定《肥城市政府非税收入票据管理办法》、《肥城市政府非税收入年度稽查办法》。开展创建“全省非税收入规范示范县”活动、非税收入管理征文比赛和非税收入管理宣传月活动，肥城市被省财政厅评为首批“山东省政府非税收入规范管理示范县”。