防疫。实行春秋集中防疫与平时补防相结合，社会防疫与规模场程序化防疫相结合，实行免疫证和耳标佩戴制度。畜禽常规免疫主要疫病有猪瘟、猪丹毒、猪肺疫、鸡新城疫，强制免疫疫病为牲畜口蹄疫。2005年，建成肥城市动物疫病检测化验中心，强制免疫高致病性禽流感。2007年，猪瘟和高致病性猪蓝耳病纳入强制免疫范围。按照“政府包密度，业务部门包质量”的要求，每年市政府与乡镇政府、乡镇政府与村民委员会，市畜牧局与各乡镇畜牧兽医站、乡镇畜牧兽医站与防疫员逐级签订重大动物疫病防控年度目标责任书，落实防控目标责任制。严格执行免疫证、免疫标识和免疫档案三位一体制度，猪、牛、羊实行一畜一证，并钉挂免疫标识，家禽实行一户一证或一场（批次）一证。2007年，建立大牲畜免疫可追溯管理体系，耳标改为二维码耳标。检疫。按照《中华人民共和国动物防疫法》和《山东省动物防疫条例》规定，推行畜禽产地检疫和宰前检疫、宰后检验。市内银宝集团、八戒食品有限公司、永惠食品有限公司3家大型屠宰加工企业实行检疫员派驻制度，各类屠宰、销售、经营等单位实行《动物防疫合格证》证照管理制度，各类畜禽规模饲养场实行兽医监管责任制。每年春秋两次检疫检测奶牛布氏杆菌病和结核病。2007年，全市持证上岗检疫员70人。