市畜牧局为一级事业单位，下设办公室、政工科、财务科、畜牧站、兽医站、兽医卫生监督检验所、畜禽技术服务站、家禽良种示范繁育场、综合科、物业办公室、兽药饲料监察所11个科室站所，干部职工74人。全市14个乡镇办事处设立畜牧兽医站，工作人员148人。
2003～2007年，全市畜牧产业得到健康长足发展。实施“奶业富民工程”，利用塌陷地发展奶牛规模养殖，形成新城、老城、王瓜店、石横、湖屯北部城矿区乡镇为重点的奶牛产业带，规模饲养比重达70%以上。2007年，奶牛存栏量2.5万头，比2003年增长13倍，奶类产量4.4万吨，增长14倍。防疫工作扎实开展，畜禽免疫密度常年保持在100%。全面开展狂犬病防控工作，共免疫犬4万只。开展农业实用技术推广年活动，畜牧科技贡献率达到75%以上。成立兽药饲料协会、老城镇方远奶牛合作社、新城镇李波奶牛合作社等合作经济组织。产业化经营体系不断壮大，畜牧业向集约化规模饲养和质量效益型转变，产业化水平得到快速提升。市内国家级龙头企业1家、省级龙头企业2家，形成一批地域优势明显、生产集中、布局合理的奶牛、生猪、禽类生产基地。2007年，全市畜禽规模饲养比重达到65%以上，比2003年增长30%，建成各类畜禽规模饲养小区312个，增长52.20%，规模饲养场2125个，增长1150%，发展各类畜禽饲养大户20000户，增长25%。2007年底，全市大牲畜存栏3.89万头，其中牛存栏3.78万头，出栏3.34万头；生猪存栏18.10万头，出栏31.25万头；羊存栏23.17万只，出栏48.84万只；家禽存栏342.35万只，其中蛋鸡存栏241.26万只，家禽出栏1121.61万只，其中肉鸡出栏936.70万只。肉蛋奶总产量13.2万吨，畜牧业产值12.7亿元，占农业总产值的36%。2005～2007年，肥城市连续三年被国家农业部确定为山东省唯一“全国生猪科技入户示范工程”示范县，在上海召开的全国生猪科技入户工作会议上，被评为畜牧科技先进县（市）。2003～2007年，先后荣获山东省畜牧科技先进县（市），山东省畜牧工作先进集体、山东省畜牧业科技工作先进单位、泰安市“奶业富民工程”先进集体等荣誉称号。