2003年，全市开展田间杂草调查，明确境内有107种杂草发生，分属32科，其中小麦田杂草29种，玉米田杂草26种，棉花田杂草23种，花生田杂草22种，大豆田杂草17种，番茄田杂草7种，豆角田杂草9种，黄瓜田杂草6种，伏白菜田杂草7种，大棚番茄田杂草10种，苹果园杂草16种，桃园杂草22种，山区田边、路边、沟边、山地杂草72种，平原田边、路边、河边杂草56种。在32科杂草中，尤以禾本科杂草最多，计25种，菊科次之，计15种，其次为豆科、蓼科、藜科、莎草科、大戟科、十字花科、苋科、旋花科、锦葵科，还有蔷薇科、毛茛科、天南星科、堇菜科、罂粟科等。优势种为马唐、牛筋草、马齿苋、莎草、反枝苋、铁苋菜、鳢肠。2004年，系统调查肥桃生育期各种病虫发生规律，拍摄病虫图片200余张，编纂《肥城桃病虫图册》。2004～2005年，制定完善甘蓝夜蛾和马铃薯晚疫病省标测报规范。同年，市良种场安装测报灯、孢子捕捉仪、小气候观测仪等测报专用仪器。2005～2007年，建成国家级“农业有害生物预警与控制区域站”，实施“山东省出口农产品绿卡行动计划”。2007年，《黄板诱杀害虫新技术》制作成科教片，在全市宣传推广。