2003～2007年，贯彻《山东省民兵、预备役部队建设发展规划》和“潍坊会议”精神，着眼于适应“战场”需要和“市场”要求，加大科技含量，合理调整编组，优化组织结构，巩固发展深化民兵工作调整改革，提高民兵组织建设质量。
2003年，按照有利于领导、有利于提高质量、有利于开展活动、有利于执行任务、有利于平衡负担的原则，调整民兵布局，优化组织结构，突出城市基本民兵应急分队和专业分队建设的重点，解决了编组范围广、快速集结慢、“应急”特点不突出的问题，民兵对口专业技术分队人数有所增加。各基层人武部应急分队亦由30人增至50人，配备了防暴器材、发放服装等。通过分批次的集中训练和针对性的专业对口训练，提高两支队伍应付突发事件、执行应急任务的战斗力。2004年，整组工作重点是民兵步兵分队、民兵应急分队、民兵专业技术分队、民兵对口专业分队“四支”队伍，突出民兵专业技术分队、民兵对口专业分队的组扩编调整，增加民兵专业技术分队人数和民兵对口专业分队个数。民兵专业技术分队减掉侦察专业，增设82迫击炮、道桥抢修和军械装备维修分队。对口专业分队调整为8个，新编汽车运输、有线通信、车辆维修、医疗救护、卫生防疫、仓库勤务、交通、人防专业分队。民兵应急分队人数增加，占基干民兵总数的4%；专业技术分队扩增，占基干民兵总数的3%；对口专业分队调整，占基干民兵总数的13%；步兵分队人数，仍占基干民兵总数的80%。2005年，突出反“台独”应急作战急需的“三支骨干队伍建设”，即民兵防空分队、军兵种对口专业分队、民兵应急分队。通过组织调整，全市民兵步兵分队人数由上年占基干民兵总数的80%，减少为占基干民兵总数的73%。民兵应急分队，在市行政综合执法局建民兵应急独立排。民兵专业技术分队，占基干民兵总数的6%。民兵对口专业分队，由上年占基干民兵总数的13%，扩增为占基干民兵总数的17%。在石横发电厂、市化肥厂、市供电公司、市建设局组建人防（空）专业分队。预备役高炮营完成编制，预备役军官、预备役士兵满编。2006年,按照扩大专业技术分队比例,控制应急分队规模,减少步兵分队数量的总体要求,整顿民兵组织。民兵步兵分队、民兵应急分队、民兵专业技术分队保持上年规模，民兵对口专业分队重新调整布局，成员分布北部乡镇、市交通局、市卫生局、市公安局、市建设局等单位及石横发电厂、石横特钢厂、市化肥厂、市供电局等企业。2007年，根据党中央、国务院、中央军委关于加强国防后备力量建设的战略部署和《山东省后备力量“十一五”规划》、《省“十一五”基干民兵组建计划》，突出重点、优化结构，整合各种资源、理顺编组关系，将基干民兵整合为作战队伍、勤务保障队伍、应急队伍和其他队伍4大类。全市编组防空作战分队1个；编组7类保障队伍
、9个分队；应急队伍编组20个分队、865人，应急连1个、125人；其他队伍编组38个连，分布全市各乡镇及市直企业。通过民兵组织的不断调整改革，市民兵工作更加适应新形势的发展变化，提高随行任务的能力。