2003年，将原高新技术产业开发区与王瓜店镇区镇合一，实行集中统一管理，依法放权，建立一级财政和内部相对独立的运行机制。设立市工作目标责任制考核委员会办公室，改革单位部门工作目标责任制管理考核办法，推动各项工作落实。设立市城市管理综合执法局，将城区全部或部分行政处罚权集中交由市城市管理综合执法局承担。2004年，市人大、政协、群众团体机关机构改革。市人大、政协机关设立3个办事机构和10个工作机构，核定编制71人，其中机关行政编制43人，工勤人员编制23人，离退休干部工作人员编制5人。工青妇等群团机关总编制23人，其中机关行政编制19人，工勤编制3人，离退休服务编制1人。市残联、科协、工商联使用事业编制，核定事业编制18人。2005年，市政府机关改革，组建市安全生产监督管理局，为市政府工作部门，同时为市安全生产委员会的常设办事机构；市发展计划局改组为市发展和改革局，为市政府工作部门，撤销市经济体制改革办公室，其职能划入市发展和改革局；市计划生育局更名为市人口和计划生育局；市文化体育局由市政府工作部门改为市政府直属事业单位，退出市政府工作部门序列。
事业单位改革。2003年，市热电公司实行民营化改制重组，由江苏银玲集团承债购买，撤销事业单位建制。2004年，实施经营开发服务类事业单位改革，对全市事业单位及人员情况排查摸底，按照“先行试点—逐步推进—全面展开”的工作步骤，12月市规划建筑设计院率先完成改革试点工作改制为企业。2005年6月，实施社会公益类事业单位改革，制定《关于城市环境卫生和园林绿化作业体制改革的意见》，市环卫处在依法依规清退428名临时工作人员的基础上，面向社会公开招标，实行市场化运作。2005年12月，制定了《经营开发服务类事业单位改企转制实施意见》及4个相关配套文件，截止2007年底，市房地产开发公司和市政工程处成功改企，330余名事业人员转为企业人员。