2003年，市政府设置办公室、发展计划局、经济贸易局、教育局、科学技术局、公安局、监察局（与市纪律检查委员会机关合署，不计政府机构个数）、民政局、司法局、财政局、人事局（与机构编制委员会办公室合署）、劳动和社会保障局、国土资源局、交通局、水利局、农业局、对外贸易经济合作局、文化体育局、卫生局、计划生育局、审计局、统计局、环境保护局、建设局、林业局、粮食局25个工作机构。2005年，设立安全生产监督管理局；经济体制改革办公室职能划入发展计划局，改称发展和改革局；计划生育局改称人口和计划生育局；文化体育局由市政府工作部门改为市政府直属事业单位，退出市政府工作部门序列。至2007年，市政府设26个工作机构，工作人员1051人；直属事业单位19个，工作人员516人。
2003～2007年，市政府认真落实科学发展观，抢抓机遇，锐意进取，圆满完成十五届人大一次会议确定的目标任务，经济社会发展取得显著成绩。①综合经济实力大幅提升。2007年，完成市内生产总值286亿元，年均增长22.4%；实现地方财政收入12.8亿元，年均增长28.4%。农业产业化水平不断提高，形成有机菜、肥城桃、“两菜一粮”、干鲜果品、速生用材林“五个10万亩”规模种植格局，建立粮油、蔬菜、果品、畜禽、木材“五大加工运销体系”，创下全国有机蔬菜种植加工“四个之最”。工业强市主体作用更加突出，规模以上企业发展到240家，5年增加161家，形成煤电能源、冶金机械、新型建材、精细化工、纺织服装、食品加工六大支柱产业，主营业务收入过亿元企业达到100家、利税过千万元的98家，省级名牌产品达到15个。商贸流通、金融保险、房地产业等增势旺盛，旅游业发展迈出新步伐，建筑业在富民增收中发挥了重要作用，高新技术产业产值比重5年提高11.6个百分点，工业废水和烟尘排放达标率达到100%。②发展活力后劲显著增强。农村税费和市乡企业产权制度改革全面完成，财政管理体制、城市管理综合执法、行政审批制度、机关事业单位收入分配制度等项改革成效显著，经营服务类事业单位转企改制进展顺利。招商引资和大项目建设实现突破，5年共引进市外资金215.9亿元，完成固定资产投资505.7亿元。高新区、石横、汶边“三大经济板块”聚集效应日益显现。民营经济发展活跃，增加值和实缴税金年均分别增长35.5%和42.6%。对外贸易快速增长，累计进出口总额近10亿美元，年均增长44.1%。③城乡面貌发生深刻变化。新一轮城市总体规划通过省政府审批。5年投入城建资金38.6亿元，城区面积拓展到43平方公里，城市环境综合整治取得显著成效。镇村建设详细规划实现全面覆盖。新农村建设实施改水、改厕、改灶，环境净化、道路硬化、村庄绿化、干道亮化、整体美化，路网、水网、林网、卫生医疗网、社会保障网、社会化服务网、“三改五化六网”效果明显，5年完成道路建设投资12.6亿元，新修改造公路1661.9公里，实现乡镇通二级路、村村通等级路；植树造林5200万株，森林覆盖率达到32.7%，建成绿色生态景观、富民兴村产业。④社会各项事业全面发展。科教兴肥战略加快实施，经济增长中科技贡献率达到58.1%。各级各类教育协调发展，泰安市级以上规范化学校达到127处。人口和计划生育连续保持泰安市综合考核一等奖，公共卫生保障和群众医疗保健水平有了新的提高。文明、平安、和谐肥城建设深入
开展，“农村道德评议会”、“鲜花送文明”的做法被列为全国思想道德建设先进典型，社会治安和安全生产形势持续稳定，突发公共事件应急管理体系日益健全。文化、体育、统计、气象、广播电视等事业实现新的发展，史志档案、外事侨务、民族宗教、矿区农村搬迁、对台等工作不断加强。妇女儿童和老年人、残疾人权益得到保障。双拥共建、人民防空和民兵预备役建设取得新成绩。⑤人民生活质量不断改善。2007年，城镇居民人均可支配收入13557.5元、农民人均纯收入6107元，分别比2003年增加6740.5元和2657元；居民人均储蓄存款余额9125元，增加2875元。城镇化水平达到50.3%，新型农村合作医疗参合率95.1%，7０多万农民群众全部吃上卫生水。社会保障体系更加完善，保障能力不断增强。⑥政府自身建设进一步加强。5年共办理人大代表建议382件、政协提案562件。推进政府职能转变，强化社会管理和公共服务。认真贯彻行政许可法和推进依法行政实施纲要，严格落实党风廉政建设责任制，“行风热线”成效显著，法制建设、效能建设和廉政建设水平明显提高。决策目标、执行责任和考核监督体系得到强化。肥城市跨入全国综合实力百强、县域经济基本竞争力百强、中小城市综合实力百强和全省“30强”行列，荣获全国新农村建设明星市、绿色小康县、农村安全饮水工程示范县等26个国家级荣誉称号，全省农民增收工作先进市、农村公路建设先进市、平安建设先进市等51个省级荣誉称号。