境内大小山洪河道43条。河流按水系分属黄河流域和大汶河水系，主要河流有汶河、康王河、汇河、漕河、浊河、小汇河、金线河7条，主要发源于泰山西麓的低山区，控制流域面积约8408.6平方公里，总长度196.3公里。流域面积20平方公里以上的河流17条，总流域面积911.6平方公里。大汶河境内长36.3公里，康王河全长41公里，为境内的两大主要河流，也是汶阳、康汇平原生成的主要源流。全市多年地表水资源总量为15308万立方米，多年平均降雨量为646.9毫米，降水较为丰富但年际变化大且时空分布不均。形成旱涝交替或旱涝相间的现象，降雨量年内差异很大，其中汛期6～9月份降雨量占全年的72％～75％。根据肥城市地下水开发利用规划分析计算，多年平均地下水资源量为21018万立方米，允许开采量为19547万立方米，其中北部肥城盆地地下水资源量为14239万立方米，允许开采量为13356万立方米；南部漕浊河流域地下水资源量为6779万立方米，允许开采量为6223万立方米。扣除重复水量得全市多年平均水资源总量为26241万立方米。保证率20%的水资源总量为34872万立方米；保证率50%的水资源总量为24164万立方米；保证率为75%的水资源总量为17795万立方米；保证率95%的水资源总量为11324万立方米。