2003年，全市基层党（工）委53个，乡镇、办事处党委14个，党总支158个，党支部1671个。全市开展保持共产党员先进性教育活动试点工作，王瓜店镇党委进行先期试点。提出实施农村党建“递进培养工程”，健全完善“公推公荐、培养教育、实践锻炼、评议考核、选拔使用、配套保障”六项工作机制。2004年，被中共山东省委评选表彰为“全省农村基层组织建设先进市”。构建以农村党建“递进培养工程”、机关党建“动力工程”、社区党建“延伸工程”、企业党建“凝聚工程”为主要内容的“党建系统提升工程”。2005年，开展保持共产党员先进性教育“回头看”活动，探索实行不合格党员认定处置“案审制”、发放党员“政治生日纪念卡”、村村聘请“村务顾问”、开展“党性评析”活动等创新性工作，开展企业党建“七比七看”（比产出能力，看企业规模；比投入产出密度，看集约化经营；比经济效益，看贡献大小；比环境保护，看企业形象；比善待职工，看收入水平；比科技进步，看外向程度；比以人为本，看党员模范作用）竞赛活动。其中，不合格党员认定处置“案审制”经验做法被新华社《国内动态清样》刊发，省委书记张高丽作出重要批示。《实施党建“递进培养工程”，加快农村致富奔康步伐》被评为“山东省基层党建工作创新奖”二等奖。2006年，深化“三级联创”活动，开展“弘扬先进性、建好新农村”主题实践活动，石横镇党委被授予“全国先进基层党组织”和“全省先进基层党组织”。农村党组织书记实行固定补贴，由乡镇、街道统筹发放，印发《肥城市农村干部养老保险暂行办法》。《实行不合格党员认定处置“案审”制度，建立党员队伍自我纯洁的经常化工作机制》被评为“山东省基层党建工作创新奖”三等奖。2007年，开展“递进培养工程成效检验年”活动、农村党组织书记“双带双创”（带头致富创事业、带领群众创家业）活动；探索实行“村务轮值”制度；建立农村党组织书记市级财政补贴制度；王瓜店镇党委被评为“山东省基层党建工作示范点”。强化规模以上非公有制企业建立党组织工作，136家规模以上非公有制企业全部单独建立了党组织。年底，采取“两推一选”方式组织农村党组织按期换届选举。至2007年，全市基层党（工）委58个，乡镇、街道党（工）委14个，党总支174个，党支部1684个。
发展党员。严格落实发展党员有关规定，规范发展党员工作程序，印发《肥城市发展党员工作基本程序图》。2003～2007年，全市共发展党员4632人，其中女性占27.5%，大中专及高中以上文化程度的占81.6%。2007年，全市共有共产党员4.84万人，其中男性占85.3%，女性占14.7%；少数民族占0.5%；35岁以下的占14.9%，36～45岁的占24.9%，46～54岁的占22.5%，55～59岁的占13.6%，60岁以上的占24.1%。