湖屯古为八百里水泊梁山的一部分，人们在此屯居，故名湖屯。有人居住的历史可上溯至春秋。元至元十二年（1275年），肥城设四乡三十三社，湖屯属鸾翔乡的书城社、衡鱼社和北申社。清光绪十七年（1891年），湖屯属安乐乡。清宣统三年（1911年），湖屯为肥城第六区。1958年秋，成立湖屯人民公社。1984年1月，湖屯人民公社改为湖屯区。1985年11月，撤区建镇至今。
湖屯人民勤劳勇敢、有着保家卫国的光荣传统。两千多年前，商圣范蠡曾居住陶山，勤苦劳作，累资上万。朱霄烈士曾任中共山东省委委员、青岛市委组织部长等职。任职期间下厂矿，进农村，宣传革命，发动群众，为发展壮大党组织做出了突出贡献。1928年冬，不幸被捕入狱。1931年4月5日，被国民党政府杀害于济南纬八路侯家操场。
1939年5月，在兴隆庄小学召开镇村各界代表会议，成立肥城六区民众抗日动员委员会。选举八路军代表孙冠辛为主任。1940年6月，石横据点、白庄据点伪军约100余人到湖屯抢粮。区队分三路包抄敌人，奋力截击，敌人纷纷溃逃。此战俘敌5人，缴获战马2匹和部分枪支弹药。9月5日，又在纸坊村西北伏击白庄据点外出抢粮伪军。截回被抢粮食，救回被抓的群众。1944年9月，白庄据点被攻克。此后六区不再有日伪据点。
1950年6月25日，朝鲜战争爆发，境内积极开展“抗美援朝，保家卫国”的宣传教育和捐献活动，全区人民积极响应，共捐款2.93万元，粮7.5万公斤，84名青年参加中国人民志愿军。
1985年4月，在对越自卫反击战中，西湖东村籍某部侦察连副连长郝兴福率领部队多次完成侦察任务。一次，在越军炮击侦察阵地时不幸光荣牺牲，年仅32岁，生前曾任某部侦察连战士、文书、班长、排长、副连长等职，曾荣获“二等功”。