2002年12月，市直机关、全额事业单位在全市率先实行城镇职工基本医疗保险制度，设立医疗保险中心，为副科级全额拨款事业单位，隶属市社会保险事业处管理。2003年，扩大医疗保险覆盖面，增强医疗保障能力，肥城市被评为省医疗保险经办机构先进单位。2004年，基本医疗保险覆盖范围扩大到所有用人单位和个体经济组织及自由职业者。2005年，以减轻参保人员负担为中心，建立监控体系，定点医院和定点药店实行目标规范化管理。在泰安市率先实施新版《药品目录》，医疗保险中心被评为省医疗保险目标规范化管理先进单位。2006年1月，在全省率先实行在职参保人员待遇与缴费基数挂钩制度，适当拉开待遇支付档次。2007年，规范个人账户IC卡使用范围，划定因病引起外伤报销范围，形成科学合理的方案，建立异地居住人员所选的定点医院档案信息，实现异地定点医院管理信息化；城镇居民医疗保险试点工作启动，参保31600人；18家定点医院、药店实现与医保中心计算机联网，保障参保人员基本医疗需求。