1988～2002年，根据《民兵工作条例》，每年年底开始至翌年初进行一次民兵组织整
顿，时间15天。基层武装部7～10天时间。1988年，落实基干民兵调减规划，全县建
基干营18个，基干连16个，基干排195个，基干班876个，基干民兵7192人，普通民兵
65302人。基干民兵减少5270人。比1985年减少42%，1989年，组建民兵应急分队22个
，866人，组建维护社会治安分队42个，2520人。全县基干民兵8216人，比1988年增
加1024人，组织整顿集结点验到点率93%以上。此后，落实基干民兵发展规划，采取
先编入后训练的办法，全县基干民兵人数保持在总人口的1%，9200人左右。
1994年，设立肥城市酒厂武装部。46个建筑工程公司建立民兵组织。
1998年，调整民兵组织，城区按行业、系统或以大厂带小厂编组；农村以乡镇企
业、经济强村为重点编组，压缩基干民兵数量。至1999年，全市在编民兵86735人，
其中基干民兵7100人，普通民兵79635人。建基干民兵营22个、连101个、排303个、
班871个。
2000年，在非公有制企业中试建立民兵组织。2001年，贯彻落实《山东省民兵预
备役部队建设规划》，先后在11家新兴企业组建武装部，全市形成以企业为基础，国
有控股企业为骨干，街道和其它性质企业为依托的城市民兵组织格局。至2002年，企
业武装部发展到19个。
2002年，全市编有基干民兵营34个，基干民兵连118个，基干民兵排310个，基干
民兵班930个，编有基干民兵7800人。其中，民兵专业分队2个，对口专业分队6个，
应急分队2个连，1个独立排。