传染病防治以结核病、霍乱、腹泻病、病毒性肝炎防治为重点，其它传染病的防治依据疫情报告进行针对性的疫情监测、疫点处理和个案调查，并作为汛期救灾防病工作的重要内容。
1985年至1992年，因肺结核症就诊的可疑患者共计1718人，共发现活动性肺结核病人611人。1993年4月，实施世行贷款结核病控制项目工作，对涂阳肺结核病人实施免费诊断和治疗，吸引了更多的肺结核病人到防疫站结防科就诊。至2001年12月，因症就诊的可疑肺结核病患者累计14101人，共发现活动性肺结核病人2520人。2002年9月，实施了“SIDA—HO”结核病控制项目，截至2003年6月发现活动性肺结核病人214人。
1986年，全县建立了副霍乱防治机动队13个，队员98人。设肠道门诊11处，登记腹泻病人1644例，送（自）检标本1568份。检索水样322份，食品样660份，苍蝇84份，大便标本806份，采血送检200份，全年共检索各种标本3640份，均未检出阳性菌株。
肝炎防治采取以管理传染源为主，综合性防治措施。县医院及乡镇卫生院均设立了肝炎门诊和病房，把病人登记列入常规，举办病毒性肝炎防治学习班1期，印发宣传资料1500份。对医院隔离消毒进行了两次检查，加强重点人群管理，对4275名饮食服务人员和26名托幼保育人员进行了查体，其中900名饮食服务人员做了乙肝表面抗原检测，查出阳性18人，对医院献血人员进行了采血送检。
加强疫情管理，基层疫情报告由旬报改用卡片日报。县卫生防疫机构及时了解、掌握疫情，并采取有效防止措施，避免疫情扩散。2002年登记报告腹泻病人2586例，未检出霍乱弧菌。进行肝炎个案调查81例。全年共报告乙类传染病10种849例，报告发病率为109.59/10万，比2001年下降了42.43%。报告发病居前五位的疾病为肺结核、肝炎、痢疾、淋病和出血热，分别占41.46%、34.51%、9.78%、4.83%、4.59%。