一、东平县卫生防疫站
1984年11月由州城西菜园迁至县城东山路007号，占地面积3577.6平方米，建筑面积9444平方米。2003年有固定资产280万元，职工96人，其中各类专业技术人员83人，中级职称以上45人。设有办公室、财务科、总务科、药械科、检验科、质管科、计生办、健康档案科等8个行管后勤科室和卫生监督一科、卫生监督二科、卫生监督三科、卫生监督四科（稽查科）、计划免疫科、消杀科、慢病科、接种门珍（第一、二）等8个业务职能科室。
二、东平县妇幼保健院
1985年6月由州城署西街迁至县城东山路009号，占地4662平方米，建筑面积2139平方米。2003年拥有固定资产260万元，职工34人，其中副高级职称2人，中级职称13人。设有办公室、妇产科、不孕不育症专科、新生儿疾病筛查科、社会保健科、乳腺疾病防治中心、内科、外科、儿科、化验室、放射科、B超室、药房、总务、信息等15个科室。
三、东平县皮肤病防治所
1986年由大羊乡清泉寺迁至县城佛山街西首，占地面积1992平方米，建筑面积116平方米。2003年有固定资产14万元，职工11人，其中中级职称7人。