1986年，斑鸠店、银山、戴庙、商老庄、大安山等5处乡镇卫生院随区划调整归东平县管辖。1987年，戴庙卫生院升格为东平县第三人民医院。1988年，东平县中医院建立。同年，老湖镇卫生院建立。1990年，东平镇卫生院建立。同年，县第二人民医院改称东平县人民医院。至此，东平县级医疗机构4处，（人民医院、一院、三院和中医院），乡镇卫生院16处，在职医务人员1400人，其中副主任医师以上19人，乡村医生1160人，全县平均498人一个医生。县级医疗机构能够成功开展大、中、小手术，多数乡镇卫生院能成功开展中、小手术及妇科剖腹产等。年内，全县门诊量51万人次，收治住院病人1.8万人次，治愈好转率达97.6%。建国前严重危害人民健康的天花、鼠疫、黑热病等已经绝迹。头癣病、麻风病、地方性甲状腺（简称地甲病）、肝吸虫病、疟疾等已经消灭。流行性乙脑脊髓膜炎，流行性脑炎、肺结核、麻疹、猩红热等传染病的发病率大幅度下降。新生儿死亡率由建国前的20%下降至16%以下，产妇死亡率基本降至零。
20世纪90年代后，东平县卫生事业进入新的发展时期。1996年2月，旧县卫生院随其乡区划划归东平县。1998年，东平留美学子、美国加州大学副教授、苏克医学研究所研究员、肿瘤基因与药物载体研究知名专家于保法，在东平创办了大型特色专科医院——泰美宝法肿瘤医院。2001年，大安山卫生院撤销。至2003年，东平县级医疗机构仍为4处，乡镇卫生院仍保持16处；特色专科医院、厂企医院4处。另有卫生防疫站、皮肤病防治所、妇幼保健院。此外还有农村卫生所（室）526处。至2003年，东平县乡医疗机构中达到二级甲等医院1处，二级乙等医院1处，一级甲等医院7处，一级乙等医院10处。20处县、乡医疗机构中被中华人民共和国卫生部、世界卫生组织联合会儿童基金会授于“爱婴医院”称号19处，市级质量信得过医院3处，县级质量信得过医院8处；市级文明单位3处，县级文明单位3处。年内共收治住院病人2.8万人次，做大、中、小手术4840例，治愈好转率达98.1%以上。