1989年4月，东平县环境保护局为一级局，下辖环境监测站（股级事业单位），内设人秘科、环境管理科、财务科，有职工12人，其中局长1人，副局长1人。
1994年4月，内设人秘科、环境管理科、财务科、下设环境监测站，增设环境监理站（股级事业单位），全局有职工30人。其中局长1人，副局长4人。
2003年12月，内设人秘科、环境管理科、财务科、法制宣教科; 下设环境监测站、环境监察大队。共有61人，其中局长1人，副局长3人。主要职能: 贯彻执行国家和省环境保护的方针政策和法律法规; 拟定全县环境保持工作的规划，拟定并组织实施大气、水体、土壤、噪声、固体废物、有毒化学品以及机动车等的污染防治措施等。