1986年，全县小学543处，在校生82541人，入学率、毕业率、普及率、巩固率分别是96.7%、93.7%、96.8%、98.6%；初中98处，在校生26510人；高中5处，在校生3576人。农技中学2处，在校生546名，教师进修学校1处，在校生中师班182人，电大23人，中专函授1200人。全县教职工6367人，其中公办教师3268人，民办教师3099人。
1986年至1987年，根据《中共中央关于教育体制改革的决定》和省政府《关于中小学管理体制的暂行规定》，实施分级办学，分工管理，明确了县、乡、村的职责。农村中、小学实行“双向选择”制，县属学校和乡镇重点学校实行全员聘任制。1990年以来，教委制订了《小学评估指标体系》，拟定了《东平县学校管理规范》等文件，对学校的行政管理、教职工队伍建设、德育工作、教学管理、体育卫生工作、总务管理与勤工俭学、校容校貌、校舍管理都做出了明确的规定。
到1993年，幼儿教育、初等教育、中等教育相配套的教育体系逐渐形成；各类专业教育、职业教育、成人教育、特殊教育等教育结构日趋完善。全县有小学476处，在校生84512人，学龄儿童入学率99.8%，毕业率99.32%，巩固率99.12%。初中51处，在校生30655人；高中4处，在校生4116人。职业中专1处，在校生1200人；教师进修学校1处，在校生中师班247人，卫电大专函授990人，广播电视大学生30人。全县教职工7233人，其中公办教师4725人，民办教师2508人，专任教师3816人。1992年，通过省、市验收，全县实现了初等义务教育。1996年，东平县顺利通过省政府“双基”（基本普及九年义务教育，基本扫除青壮年文盲）验收。在此基础上，各级加大教育投入，改善中、小学办学条件，至2003年，全县共有各级各类学校215处，在校生93432人。其中，小学169处，在校生40060人；初中26处，在校生37228人；普通高中4处，在校生11600人；职业中专（含成人中专）1处，在校生3600人；教师进修学校1处；聋哑学校1处，在校生104人；县直幼儿园1处，在园幼儿840人；乡镇成教中心12处。全县共有在编教职工6529人。其中，小学2631人，初中2503人，高中780人，其它各类学校615人。