1986年1月，增设银山人民法庭，将接山人民法庭改为张河桥人民法庭，梁山县戴庙人民法庭改为东平县戴庙人民法庭。设立刑事审判第二庭。1987年5月，设立办公室、研究室、政工科。1988年4月，乡镇驻地全部设立人民法庭，全县人民法庭达17处。1989年4月，设立行政审判庭、告诉申诉审判庭，撤销信访科、刑事审判第二庭。1990年9月，商老庄法庭撤销，辖区案件由戴庙法庭处理。1990年12月，设立法医技术室。1996年6月设立法警大队。1998年5月，设立案庭、审判监督庭、撤销告诉申诉庭，法医室更名为技术室。1998年12月，撤16处人民法庭，重新设立银山、州城、新城、宿城、彭集五处人民法庭。2000年5月，撤销执行庭，成立执行局，下设执行一庭，执行二庭。2000年10月，执行局升格为正局级单位，为县人民法院内部机构。2002年7月，政工科更名为政治处，民事审判庭更名为民事审判一庭，经济审判庭更名为民事审判二庭，设审判委员会办公室，与研究室合署，设司法技术鉴定中心，与技术室合署。
1986年，全院共有66人。其中，院长、副院长、审判委员会委员、庭长、副庭长，审判员30人，助理审判员13人，尹承芳任院长。1990年共有干警87人，其中审判员44人，助理审判员21人。同年4月，陈士范当选为院长。1993年共有干警85人，其中审判员73人，助理审判员9人。同年2月，柴庆伦当选为院长。1996年，共有干警106人，其中审判员75人，助理审判员2人，同年4月，刘含君当选为院长。1999年，共有干警126人，其中审判员78人，助理审判员15人。同年1月，车孟涛当选为院长。1998年11月，法官实行等级制，首次评定四级高级法官5人，一级法官19人，二级法官27人，三级法官25人，四级法官14人，五级法官2人。2003年共有干警126人，其中审判员83人，助理审判员3人。1月，林建森当选为院长。四级高级法官9人，一级法官26人，二级法官24人，三级法官32人，四级法官2人，五级法官2人。至2003年，全院人员中大学本科以上学历48人，占38%；大专学历60人，占48%；中专以下学历18人，占14%。