一、机构
1991年11月，县检察院从州城迁至新县城佛山街。1996年全院机构设置16个科、室、局：办公室、政工科、刑事检察一科、刑事检察二科、反贪污贿赂局、法纪科、监所科、控申科、行装科、民行科、技术科、国税检察室，地税检察室、农经检察室、工商检察室、州城检察室。2000年全院在职人数86人。2003年全院设13个职能部门：办公室、政治处、行装科、侦查监督科、公诉科、反贪污贿赂局（正科级）、渎职犯罪侦查局（正科级）、监所检察科、民事行政检察科、控告申诉检察科、检察技术科、职务犯罪预防科、司法警察大队（警务科）。检察长1人，副检察长4人。共有检察官43人，其中高四级检察官1人，一级检察官9人，二级检察官25人，三级检察官8人，四级检察官1人。2000年被省检察院命名为“五好检察院”，2001年获得最高人民检察院表彰的“全国人民满意的检察院”荣誉称号。2002年被山东省检察院记“集体一等功”。2003年被山东省委、省政府评为“严打”工作先进集体，被省文明委授予“省级文明机关”。
2003年11月，东平县人民检察院成立人民监督员试点工作领导小组，正式实施人民监督员制度，聘请人民监督员5人，负责对检察院办理直接受理侦查案件的监督。