1982年8月，召开县科协第一次代表大会。1988年4月，召开县科协第二次代表大会，与会代表256人，选举产生了由9人组成的县科协第二届常务委员会和科协主席1人、副主席2人。1988年10月，建立中国农村致富函授大学东平分校，设立校长、副校长。各乡镇分别设立农函大辅导站。乡镇成立科协委员会。村主任兼任科技村主任。建立村专业技术协会109个。1997年3月，县科学技术协会第三次代表大会召开，与会代表383人，选举产生了有9人组成的县科协第三届常务委员会和科协主席1人、副主席2人。1993年8月机构改革，县科协与县科委合署办公。2003年8月，县科协恢复独立建制，为群众团体组织，归属县委党群口。
一、科普宣传
1995年、1996年，在县电视台开办“科技之窗”栏目，在东平报刊登科技知识，在网络上开科技项目咨询站，县电视台对农业基地开发技术分期报导。1998年以来，全国统一部署，每年5月的第三周为科技活动周，县科协连续开展大规模的“科普宣传月（周）”活动，送科技下乡活动，主要内容为科普知识展览、赶科普大集、举办科技培训班、科普知识讲座、放映科教影视片、咨询、信息服务等，推广实用技术208项，新品种52个，全县良种覆盖率98%。发展省级科普基地4个，市级科普基地7个，县级科普基地12个，举办科普知识展览38次，印发科普资料1.5万份，科学技术明白纸110万份，赠送科技书刊5800册，放映科教电影128部、3000多场次，提供优质科技光盘1.5万个，接受新技术25万人以上。
二、科技培训
1986年、1987年，举办《小尾寒羊》、《鲁西黄牛》、《快速养猪》、《哈白兔饲养》培训班260期，培训1.8万人次。1993年举办《西瓜栽培》、《葡萄栽培》、《食用菌》、《花生、大豆》、《小麦、玉米》、《高产高效水产品》等长短期培训班300期，培训1.7万人次。农函大累计招生9600人次，结业率98%，有3200名农函大学员达到农民技术员水平，评定了农民技术职称，16名学员被市委、市政府授予“科技致富状元”称号。1995、1996年农函大配合妇联开展“万名农村妇女科普培训工程”。配合县委组织部开展农村党员、基层干部实用技术和市场经济知识培训。全县有92%的农村党员掌握了1?2门实用技术，其中有6500名党员成为学科技、用科技的示范带头人。
三、科技推广
1996年、1997年重点抓了彭集、沙河站、州城3个科普示范乡镇，古台寺村、罗庄村等100个科普示范村、1200个科普示范户。先后引进推广“大红袍石榴”、“大三白石榴”、“巴西陆稻”、“红螯虾”、“白鲫鱼”、“黄颡鱼”、“节水藕”、“洋香瓜”、“加黄大豆”、“高油油菜”等新品种48个。2000年推广“小麦标准栽培”、“快速养猪”、“无花果高产技术”等200多种，创经济效益1.8亿元。2002年4月，大安山水产养殖协会被命名为省级科普示范基地。
四、青少年科技活动
1999年组织青少年科技辅导员培训150多人次，并指导开展青少年科技创新活动，夏令营、计算机、航模、生物、信息技术专业实验知识竞赛等活动，开发青少年智力，培养学科学、用科学的兴趣。1998年至2001年，每年组织开展环保、军事、法律、科技等专家进校园活动，受教育师生9800人次。
1986年，县职业中专学生孟秀英撰写的优秀论文“低纬度玉米引种试验”获第三届全国青少年科技创新大赛一等奖。受到市、县领导的亲切接见。孟秀英也被山东农大破格录取。2002年，县职业中专郭松军3位同学制作的“神农小博士”农业软件获第十七届全国青少年科技创新发明大赛二等奖。2003年4月，县职业中专李娟等3位同学撰写的优秀论文“特大子孙蒜的选育及生产开发试验”获山东省第十八届青少年科技创新大赛一等奖?；职业中专薛兵三位同学撰写的优秀论文“东平湖湿地恢复生态体系研究”获二等奖。
五、学术活动
1986年至2003年，全县有自然科学学会13个，厂矿科协3个。各学会基层科协，根据各自不同特点，开展学术活动，在全国、省级及专业报刊发表论文350篇，在全国、省、市学术交流会上发表论文370篇，出版学术专刊4期。提出合理化建议430条，被采纳248条。实施“金桥工程”项目50多项。实际应用技术38项，其中填补省、市空白12项。
六、为科技工作者服务
2003年，全县在职科技工作者14081名，退离休科技工作者890名。根据各行业发展的需要，1986年以来，设立咨询办公室，专家科技人员轮流值班，解答群众生产生活中遇到的技术难题，组织专家审议产业开发中的技术问题，定期组织技术人员深入农村、田间地头和工厂、车间开展现场技术服务，提出合理化建议，推广普及新成果、新技术、新品种、新模式等，及时向县委、县政府反映科技工作者的呼声。