1986年后，通过专项检查、行政执法监察和深挖案中案等形式，多渠道排查和挖掘案件线索，加大案件查处力度。检查处理了一批历史积案，共20起，结合打击经济犯罪活动，大刹借支挪用公款的歪风。突出查处以权谋私、贪污受贿、奢侈浪费、弄虚作假、干扰和破坏改革、偷税漏税等方面的违纪案件。实行领导包案责任制和案查工作目标责任制，与各执纪执法部门密切配合，重点查处发生在党政领导机关、行政执法机关、司法机关、经济管理部门和副局级以上党员领导干部中的违法、违纪案件以及基层群众反映强烈的各类违法、违纪案件。1986至2003年，共立案查处各类违纪案件2006件。