东平县盛夏的7月至8月常因连降大到暴雨，在平原涝洼地极易形成短时的内涝，影响农作物生长发育，重者涝死绝产。据1986年至2003年气象资料统计，涝灾往往是夏涝、秋涝较多较重，春涝很少，无冬涝。成灾规律往往是连续出现中等偏上的涝灾后，紧接出现大涝，一年当中，先旱后涝的现象也比较多。也有些年份，平原、山区大旱，河患、湖患却十分严峻，原因是大汶河和黄河水暴涨，一起汇入东平湖所造成。为防河患、湖患，东平县在人力上，物力上付出了极大代价。1990年大汛，东平湖老湖出现了自1958年建库以来的最高水位43.72米，蓄水7.2亿立方米。汛期湖内（含大清河滩区）共淹没面积15333.3公顷。斑鸠店镇康村、王庙围堤决口，淹没庄稼122.2公顷，周围群众317户、1012人受到水灾严重威胁，浸泡房屋1585间。
1991年9月1日14时至2日凌晨4时，斑鸠店镇连降大雨93.5毫米，12个村庄遭受涝灾。1993年8月4日晚至5日凌晨，全县普降大雨，局部伴有8级大风，雨量平均95.1毫米，造成沿湖乡镇严重积水，重者0.7米。全县粮田受灾面积1万公顷，倒塌房屋450间，刮倒树株3.3万株，刮倒通讯线杆78根，冲毁水利设施3800米，伤17人，直接经济损失5832万元。1994年8月6日，东平连续24小时降大到暴雨，平均降雨量为188毫米，最大降雨量264毫米，地面积水深达70厘米，成灾面积12500公顷，绝产9266.6公顷，倒塌房屋6057间，高压线损坏9000米，电话线杆刮倒、折断130余根，造成15人重伤、2人死亡、大牲畜死亡62头，直接经济损失1.13亿元。1996年7月下旬，泰莱山区连降暴雨，局部最大降雨量一次达到320毫米，受涝面积达9666.6公顷。1998年8月4日和7日，全县普降大到暴雨，平均降雨达202毫米，降雨量最大的商老庄乡达439毫米。由于两次降雨过程时间较短，雨量集中，给各乡镇特别是沿湖乡镇的农业生产造成了严重损失，使黄河和东平湖个别堤防堤段出现险情，少数群众的生命财产（房屋等）安全也受到严重威胁。特别是积水不能及时排出，商老庄、戴庙、旧县等乡镇出现了30年来罕见的洪涝灾害，农田积水最深达40厘米以上。使几十万亩良田受淹，6666.6公顷绝产。2001年7月下旬，东平大清河上游新泰、莱芜地区连降暴雨，大清河洪水倾泻，东平湖水位暴涨，最高水位达到44.38米，超出警戒水位1.88米，比东平湖有史以来最高水位（1990年43.72米）高出57厘米，平均受涝面积达5000公顷。2003年8月下旬，黄汶流域连续出现几次强降雨过程，特别是进入9月份，四次降雨达到200毫米，加之汶河来水不断注入东平湖，造成沿湖乡镇农作物被淹面积60000公顷。县、乡镇政府积极组织救灾工作，动用大量排水机械，积极投入排涝救灾，把灾害损失降到最低限度。