一、运河航运
1986年，县航运公司在台儿庄设办事处，建造185马力拖轮2艘，100吨钢质货驳14艘，60吨水泥驳6艘，组成两套拖队，在南运河以煤炭运输为主，来往于江苏、安徽、浙江、上海等地。1991年，先后建造150吨钢货驳6艘，将原水泥驳全部淘汰。2003年完成货运量1.98万吨，周转量1286.45万吨公里。
二、黄河航运
自梁山县入东平县境，经商老庄、戴庙、银山、斑鸠店、旧县5个乡镇至平阴县东阿镇出境，长38公里。黄河航道水位较低，基本无法通行长航运输船舶。
1986年，黄河水位尚能继续通航，主要货源是沿黄两岸修筑堤坝所用的石料及城乡建设所用砂、石材料。1985年，县航运公司有职工256人，完成货运量3.2万吨，周转量375万吨公里。由于黄河水位逐年下降，水运不正常，1987年后长途船舶停航。
三、东平湖航运
1986年至2003年，东平湖基本属于封闭式水域，与南北相连的京杭大运河断航。
四、集体专业渡口
黄河沈屯渡口，位于东平县银山镇，与220国道相通，系东平通往黄河西岸的重要水运码头，又是黄河东西两岸交通要道。1986年，梁山县航运公司设置的沈屯渡口整建制转给东平县航运公司，1988年，通过旅客数13万人次，通过大小车辆约6万辆次，收入80万元。是年，该渡口及所有渡运船舶设施无偿转让给渡口所在地银山镇政府。
五、民间渡口
1986年至1996年，有银山镇徐巴什渡口，至对岸河南省台前县吴坝乡。斑鸠店镇黄庄渡口，至对岸阳谷县后铺村。斑鸠店镇解山渡口，至对岸东阿县位山村。斑鸠店镇荫棵渡口，至对岸东阿县位山村。斑鸠店镇八里亭渡口，至对岸东阿县单庄村。以上渡口均设有机动船或非机动船摆渡。1996年后，黄河建浮桥取代了渡口。
六、船舶
1985年，东平县航运公司建长途货船7艘，渡运船8艘，至1996年，民间渡船共有52艘，即（沈屯渡口12艘、巴什渡口2艘、黄庄渡口11艘、解山渡口20艘、荫棵渡口2艘、八里亭渡口5艘），其中拖轮2艘、顶推渡驳6艘、双体轮渡1艘，小型机动渡驳21艘，小型木质非机动渡驳22艘，均为客货混装船。