1986年起，县、乡、村每年汛期都建立防汛抗旱指挥部，组织防汛队伍，进行湖、河道工程检查维修，筹备防汛器材、物料，保证汛期安全。
1990年7月25日，东平湖老湖出现1958年建库以来的最高水位43.72米。进入警戒水位防汛，指挥部调33个基干班共446人，防守二级湖堤，随着水位升高，前后共上基干班462个班次，5544人次。从7月25日至8月底，查排处理险情96处共调民工1万多人，动用拖拉机、汽车120辆，草袋和塑料编织袋6.5万条，秸料100万公斤，木桩5万根，铁丝10吨，土2万立方米，日夜突击抢修大坝，水涨堤高，战胜了洪水。保住了金山坝。共保护戴庙、银山32个村、3万人、耕地3866.6公顷。
1996年7月下旬，泰莱山区连降暴雨，大汶河出现两次较大洪峰。第一次是7月26日，入湖最大流量2450立方米/秒; 第二次是7月31日，入湖最大流量2280立方/秒。8月3日，东平湖水位43.56米，超出警界水位1.06米，蓄水量6.22亿立方米。在此期间，黄河水位上涨，到8月5日8时，黄河出现第一次洪峰，花园口流量7150立方米/秒，最大峰值7680立方米/秒，孙口站8月14日8时达到了5450立方米/秒，最大流量5540立方米/秒。且5000立方米/秒通过东平县的时间持续至8月15日18时，近50个小时。黄汶两水顶托，东平湖出湖闸被迫关闭。大汶河水继续入湖，东平湖水位愈来愈高，到8月18日早6时，蓄水量6.4亿立方。面对汛情和造成的灾情，东平县先后投入抢险劳力13万人次，救灾资金120万元，柴油700吨，救灾化肥340标准吨，行动大型排涝机械385台，排涝面积4333.3公顷，减灾面积5333.3公顷，挽回经济损失800万元。搬迁移民30个行政村、5850户、22317人，确保了黄河滩区人民生命财产的安全。
2001年7月下旬，新泰、莱芜地区连降暴雨，大清河洪水倾泻，8月3日，东平湖水位达到43.2米，超出警戒水位0.7米。8月4日，泰莱山区又降大暴雨，形成洪峰3000立方米/秒，东平湖水位达到44.38米，超出警戒水位1.88米，比东平湖有史以来最高水位（1990年43.72米）高出57厘米。严重威胁东平湖金山大坝的安全和金山坝以西3万多群众的生命财产安全。东平县委、县政府组织人力、物力对金山大坝进行了加高加固; 盖好土工布，实行包保责任制; 确保险工险段安全。对出湖河道清淤爆破。流量由8月4日爆破前的260立方米/秒，增加到8月8日18时的680立方米/秒。
在这次抗洪抢险中，中共中央政治局委员、山东省委书记吴官正，省长李春亭等省市领导同志亲赴防汛第一线，全省各地的救援物资源源不断地运至抗洪第一线。其中：菏泽市防指编织袋10万条，土工布2万平方米，救生衣2000件，钢架管40吨，铁丝30吨，大绳20根; 莱芜市防指土工布3.5万平方米; 德州市防指土工布6万平方米; 省防汛抢险机动队钢架管30吨; 省民政厅帐篷85顶; 济宁市防指编织袋20万条，草袋10万条，冲锋舟8艘，挖泥船2艘; 聊城市防指木桩800根，木板200平方米。泰安市防指编织袋8万条，沙袋22万袋，毛石1000方，碎石5000袋，其中肥城市沙袋9万袋，宁阳县8.4万袋，泰山区0.45万袋，岱岳区0.47万袋。济南市长清、平阴，济宁市梁山、汶上4个县，每县沙袋4000袋。抗洪抢险中，东平县共动用乡镇汽车50辆次，拖拉机1000辆次，农用三轮车3000多辆次，船200多只次，没有防汛任务的乡镇，每个乡镇组织了300人的专业抢险队，直接开赴金山坝，县直抽调了66名副局级以上干部，日夜守候在大坝上，500多名公安干警、2700多名部队官兵，参加这次抗洪抢险。至8月底，取得了抗洪抢险的最后胜利。
2003年8月下旬，黄汶流域连续强降雨。9月上旬，汶河流域连续降雨，洪水入湖，黄河同期出现的2500立方米/秒以上洪水，形成黄汶顶托，东平湖泄水困难，在陈山口、清河门两闸全部开启泄洪下，东平湖水位仍持续在43.0米高程左右60余天。10月11日晚，又出现10?12级大风，致使南岸二级湖堤有12公里堤段相继出现多处石护坡坍塌险情。 从9月初开始，黄河保持2500立方米/秒左右的流量近50天，黄河滩区护滩工程和大部分生产堤偎水浸泡，部分堤段出现渗水、根石走失、裂缝等险情。
险情发生后，省委书记张高丽、省长韩寓群作出重要批示，明确要求，要确保东平湖大堤安全，确保人民生命财产安全。省、市、县各级领导亲临指挥抢险。县委、县政府成立抢险指挥部。县委书记朱永强，县委副书记、副县长于文龙，县委副书记任令基先后担任现场指挥。对出险堤段，进行突击抢护。指挥部调集车辆近500台，紧急增运石料1500立方米，保证抢险物料的急需。省军区、市军分区调集驻泰部队280多名官兵投入抢险。在这次抗洪抢险中共调运碎石1.7万立方米，编织袋27万余条，土工布4.5万平方米，铅丝16.5吨，木桩3000余根，软料130吨，帐篷50顶，抛投石1.2万立方米，动用机械台班4000多个，动用土方3万余立方米，用工3万多个。夺取了东平湖、黄河抗洪抢险的胜利。
2003年东平县水利事业单位统计表
机构名称
设立年度
职工人数
备考
东平县大汶河管理段
1965年
4
稻屯洼排涝站
1967年
7
引湖电灌管理总站
1969年
78
1991年4月升格为副局级事业单位，下设周林、李庄、双塔三个管理分站
无盐电灌管理站
1978年
33
下设龙王沟、石龙口管理分站
水利开发服务公司
1985年5月
58
水利物资服务站
1992年6月
36
1997年2月设抗旱服务队，合署办公
水利建筑安装公司
1992年6月
27
东平湖引黄灌溉管理处
1992年10月
7
副局级
农田水利站
1993年11月
10
与设计室合署
水土保持办公室
1993年6月
6
与水土保持监督管理站合署
水资源管理办公室
1993年11月
10
水利行政监察大队
1997年1月
7
防汛抗旱指挥部办公室
1998年4月
2
与科技科合署