1986年，设专职人员从事检疫工作。是年，对全县农贸市场进行治理整顿，发放《兽医卫生合格证》612个。1991年，检疫活畜禽1974万头（只），检疫各种肉类1869.0吨，检出病害肉25.7吨。1993年，成立东平县兽医卫生监督检验所。1995年，实行生猪定点屠宰。1998年，县政府下发《生猪产销管理工作意见》，检疫所向各食品站派驻检疫员，对屠宰生猪实行宰前检疫和宰后检疫。2000年4月，健全村级产地协检网络，协检员112人。发放《动物防疫合格证》730个。6月，经山东省政府批准，在220国道旧县段设检疫消毒站。2001年，在老湖镇、接山乡、东平镇开展检疫管理体制改革试点工作。8月，在全县进行兽医卫生大检查，对生猪屠宰市场进行整顿。同年，《山东省官方兽医管理办法》颁布实施，东平县有3人经过考试考核成为“官方兽医”，2002年，对禽流感疫情调查。是年，有54人获得检疫员资格。