1991年，建立环保站，对全县生态环境破坏情况进行调查，将污染区划分为大清河、汇河、稻屯湖、东平湖、州城5处。1992年完成农业环境和农副产品调查。1996年至2002年，第二期世行项目区的取样调查。1996年至1997年，对18个乡镇进行农业部下达的《关于组织第二次污水灌区环境质量状况调查》。2002年完成“东平湖湿地和东平湖蝗区生态环境”调查。从1992年开始，县长与农业局长签定《环境保护责任书》。1995年至2001年，连续处理9起农田污染事故，共涉及农田165.29公顷，赔偿金额50.55万元。自1995年开始，结合《3333.33公顷无公害大蒜栽培技术推广》、《湖区涝洼地高产高效模式研究》、《湖区植被生态体系构建技术研究》等项目，推广无公害农业生产新技术、生物肥料、有机肥、平衡配方施肥、生物防治病虫害、可降解薄膜、秸秆反应堆等农业环保新技术，农业环境开始向着良性循环方向发展。