1986年，进行产业结构调整。1987年，稳定粮食总产，适当扩大棉花、花生、蔬菜等经济作物面积，退耕还林、还渔，全面发展林、牧、渔业生产。粮棉油、林果、水产、蔬菜、畜禽等五大商品生产基地建设全面铺开。1991年，全县粮食作物比1987年压缩4333.33公顷，总产稳定增长4.8万吨，达到32.7万吨，经济作物播种面积增加4933.33公顷，瓜菜发展到3000公顷，粮经比例达到8.5:1.5。每公顷产值由4393.5元上升到7497元。林、牧、渔业产值占农业总产值的45%，比1987年上升15个百分点。农产品商品率达到63.1%。畜牧业产值增长144%，渔业产值增长61.5%。多种经营收入达到6.1亿元。
1992年，开始以量质并重进行产业结构调整。至1996年，种植业四种四收模式化栽培面积12000公顷。建成10个优质果品、鲁西黄牛、小尾寒羊、麻鸭、水产养殖、药材等生产基地，粮食、果品、水产、畜产品、纺织等8大加工生产初步形成体系。1997年，全县冬暖式大棚和西瓜拱棚1万个，瓜菜面积达到23333.33公顷（复种面积），粮经比达到7∶3，涌现出接山拱棚西瓜、宿城洋香瓜、斑鸠店大蒜、沙河站瓜菜、戴庙小尾寒羊、新湖水产、旧县淀粉制品、彭集花生等经济特色乡镇。农业总产值达到22.4亿元，比1991年增长2.9倍，农、林、牧、渔产值比为20.5∶1∶12∶4.5，农民人均纯收入实现2059元，比1991年增加1544元。粮棉油、地瓜淀粉、花生、大蒜等产业的产、加、销初成体系，农业产业结构进一步优化。
1998年，开始以质量为主的调整。确定“南菜北果，西渔共牧”总体规划，引导农民群众搞调整。截止到2003年底，优质小麦面积19600公顷，花生10000公顷，瓜菜22165公顷，无公害农产品认证面积9933.33公顷，总产31.2万吨。粮经比例达到6∶4。农、牧、林、渔产值比为25∶1∶12∶9 ，农民人均纯收入2700元。