一、行政机构
农业局 1984年，农业局、畜牧局合并，称农牧局，行政编制11人。1989年8月，农牧局改称农业局。1993年，保留农业局的牌子，设立农工商服务总公司，同年11月，更名为农业服务中心，同时设立农业办公室。1995年8月，撤消农业服务中心，恢复农业局。2002年1月，县农业委员会与农业局合并，组建新的农业局，行政编制19人，局长1人，副局长3人; 建立党委，设专职书记。
畜牧局 1984年，撤销县畜牧局，成立东平县畜牧公司，为二级单位，隶属县农牧局。1989年8月，县畜牧公司升格为局级事业单位。1990年4月，更名为东平县畜牧局，局长1人、副局长3人。1992年5月，建党委，局长兼书记，副书记1人。1993年2月，撤销畜牧局，成立东平县牧工商服务总公司，是年11月，改称东平县畜牧服务中心，隶属东平县农业委员会，原畜牧局党委撤销。1995年1月建立东平县畜牧服务中心党委。1996年9月，恢复东平县畜牧局，局长1人，副局长6人。同年11月撤销畜牧局服务中心党委，建立畜牧局党委，书记1人、副书记2人。
农机局 1984年县农机局改为东平县农业机械服务公司，属企业。1988年10月，更名为东平县农业机械管理局，事业单位，局长1人，副局长3人。1993年，改称东平县农业机械综合服务总公司，属企业。同年11月，改称东平县农机服务中心，为局级单位。1996年9月，撤销县农机服务中心，成立东平县农业机械管理局，局长1人，副局长3人。
林业局 1986年，东平县林业局有局长1人，副局长2人。1993年3月，县林业局退出政府序列，改为东平县林工商服务总公司，建立党委，设专职书记，属企业。是年11月，改称林业服务中心，撤销党委，属事业单位。1995年，恢复县林业局，重建党委，进入政府序列。1996年6月设专职党委书记，副书记2人。2002年1月，县林业局转为全额事业单位，建立党委，局长兼书记，副局长4人。
二、服务机构
农业机构 1986年设农业技术推广站、种子管理站、植物保护站、多种经营管理办公室、农业科学研究所、种子公司、良种繁育场，土壤肥料工作站、科教站。1987年成立经济作物站，编制5人。1989年，成立农业环境保护监理站，编制2人。同年，中央农业广播学校东平分校升格为副科级事业单位，编制10人。1990年12月，成立棉花生产办公室。1990年12月，成立农业综合开发办公室，正科级事业单位，1993年撤销，1995年恢复，编制5人，2002年隶属农业局，财务相对独立，定编7人。1995年3月，成立农药检定所，与植物保护站一个机构，两块牌子。1996年6月，成立减轻农民负担办公室和农村经营管理办公室，一个机构，两块牌子。是年，成立农业技术研究推广中心，副科级事业单位。2002年成立农村科技教育培训中心、农业行政执法大队。是年农业区划委员会办公室划归农业局。2003年成立东平湖区蝗灾地面应急站，与植物保护站一个机构、两个牌子。同年7月，成立农业产业化办公室、编制5人，正科级事业单位，隶属农业局。
畜牧机构 1986年县畜牧局下设畜牧站、兽医院、畜牧兽医工作站、畜牧冷藏加工厂。1987年12月，建畜禽良种繁育场。1990年2月，成立畜牧兽医技术服务中心。1993年，设立县兽医卫生监督检验所。1996年6月，设立小尾寒羊研究所。1996年9月设立东平县畜牧兽医技术推广站。1997年12月，成立兽医药监察所。2002年7月，县畜禽良种繁育场破产。2003年，设立畜禽良种推广中心。同年，成立饲料工业办公室。
林业机构 1986年，设林业技术推广站、林业种苗物资站、经济林站、第一苗圃、第二苗圃、腊山林场、林木良种苗圃。1986年7月，成立林业森保站。1987年7月设立林政股。1990年6月，成立森林防火办公室。1991年11月，建立林场苗圃管理站。1993年3月，成立果树开发服务中心。1994年，建立林业科技教育站。1995年3月，设核桃研究所。1998年2月，先后成立林业产业站、野生动物保护站。1999年，设立木材检查站。是年，腊山林场升格为科级事业单位。2002年8月，林业森保站更名为野生动植物保护站，增挂东平县森林病虫害防治检疫站的牌子，同时撤销东平县野生动物保护站。
农机机构 1986年，设农业机械研究所、农业机械化学校、县拖拉机站。1988年，设农业机械管理站，全额事业单位，编制7人。是年，成立农机安全监理站，编制7人。1989年12月，农业机械研究所更名为农业机械技术推广站，定编3人。同年，成立农业机械修配管理站，差额事业单位，编制10人，1992年7月建立农机综合开发服务站，编制10人，事业单位。同年设立农机维修服务中心，是企业化经营事业单位。1996年，县拖拉机站依法破产。