1984年5月，成立东平县审计局。1993年11月，机构改革，内设综合科、行政事业审计科、经济贸易审计科、基本建设审计科；1996年12月5日，基本建设审计科改称固定资产投资审计科，增设审计管理科；2000年6月4日，增设经济责任审计科；2001年4月，经济责任审计科升格为副局级单位，改称经济责任审计办公室。2002年5月，机构改革后，内设机构为综合科、法制科、行政事业审计科、经济贸易审计科、固定资产投资审计科、经济责任审计办公室，配局长1人，副局长4人。共有干部职工16人，其中高级审计师2人，审计师、会计师、经济师10人。