1986年，东平县水产局下设州城、水河、宿城、新湖、彭集等5个水产站。负责全县渔业的管理。1990年4月，撤销水产局渔政科，成立东平县渔政监督管理站。1991年，成立东平湖管理委员会，为副县级事业单位，内设开发建设科、渔政科、生产技术科等。1993年11月，东平湖管理委员会生产技术科更名为东平县水产办公室，隶属关系不变。1995年1月，撤销水产办公室，成立水产局，下设渔政监督管理站、渔业技术推广站、第一淡水养殖试验场、第二淡水养殖试验场、渔业公司。2002年7月，设立山东省渔业船舶检验局东平船检站、山东渔港监督局东平监督站，编制36人。