一、浮游植物
东平湖浮游植物的种类隶属于7个门，35科、67属。其中以绿藻门最多，12科29属; 其次是硅藻门，10科15属; 再次是兰藻门4科12属、其它各门较少。主要种类有直链藻、菱形藻、纤维藻、棚藻、席藻、隐藻、裸藻、单边金藻等。
东平湖浮游植物数总平均为240万个/升，生物量为2.2759毫克/升。以个体数量计甲藻为最多，占总平均数的40.5%，其次为硅藻和绿藻; 以生物量计则硅藻为最多，占总生物量的34.9%，其次为绿藻和兰藻。而金藻和黄藻不仅数量少，生物量也极小，分别占总数量的3.3%和0.5%，占总生物量的2.3%和1.2%。
东平湖浮游植物数量变化表
月 份
3
5
7
9
11
平均
占藻类数量的百分比%
硅 藻
288.9
2.3071 34.1
0.5992 59.4
0.4192 18.3
0.3082 22.6
0.3418 84.7
0.7951 35.3
34.9
绿 藻
30.8
0.3401 72.6
1.4109 27.4
0.3593 15.4
0.292 11.0
0.0932 31.4
0.4991 13
21.9
兰 藻
0.159
0.0214 15.5
0.742 35.1
1.0683 0.4
0.005 10.2
0.3673 4.2
16.2
裸 藻
6.1
0.3048 4.7
0.2433 13.8
0.411 5.3
0.1579
8.4
0.3126 7.7
0.2859 3.2
12.6
甲 藻
119.4
0.1467 74.6
0.016 63.4
0.3641 71.7
0.4486 15.71
0.2696 97.2
0.249 40.5
10.9
金 藻
32.5
0.07 0.4
0.0385 6.5
0.1582 7.9
0.0533 3.3
2.3
黄 藻
1.4
0.0234 0.5
0.0093 4.7
0.0982 1.3
0.0262
0.5
1.2
合 计
477.9
3.1901 186
2.2694 180.9
2.319 146.7
2.3228 210.7
1.2786 240.4
2.2759
二、水生维管束植物
东平湖包括新湖区在内共有40余种水生植物，分别隶属于2门18科30属。其中种子植物门38种，主要有菱、芡实、睡莲、菹草、马来眼子菜、大茨藻、苤菜、苦草、芦苇、竹叶茅、鹅观草、莎草、砖子草、牛毛毡、水葱和浮萍等; 蕨类植物门2种，主要为苹、槐叶萍等。
东平湖水生维管束植物主要分布于水深1.25米以上的水域，并且大多数属沉水植物与浮叶植物群落，平均水深为1.98米至2.20米。
东平湖浮游植物数量生物量表
序号
位 置
主要水生植物种类
平均水深(米)
平均生物量(克/平方米)
1
孟庄以西至杨庄东
轮叶黑藻、菱、芡实
(沉水植物与浮叶植物) 2.13
7333
2
金山坝中部以西
马来眼子菜、菹、轮叶黑藻、苦草(沉水植物)
1.98
5403
3
东金山村以东土山以西
轮叶黑藻、马来眼子菜、菱、菹、金鱼藻(沉水与浮叶植物)
2.08
5088
4
陈辛庄以北庄科大西面
轮叶黑藻、马来眼子菜、苦草、菰(沉水植物)
2.20
5062
5
卧牛山村以东附近水面
大茨藻、轮叶黑藻
(沉水植物) 1.25
3617
6
二道坡以北、西刘庄至吴庄东
轮叶黑藻、马来眼子菜、苦草(沉水植物)
2.05
3304
7
南塘以东附近水面
马来眼子菜(沉水植物)
2.3
2178
8
团山西北、西南及以西至小清河
芦苇(挺水植物)
0.75以下
生物量很大、为人工种植区