境内大部地势低平，为古汶、济二水汇流之区。河道、湖洼、坑塘、山泉、沼泽较多。主要河湖有大汶河、小汶河、大清河、小清河、汇河、运河、东平湖、稻屯洼及中、小河道15条。
大汶河 古汶水。发源泰莱山区。汇泰山山脉、蒙山支脉诸水，自东向西，经莱芜、新泰、泰安、肥城、宁阳、汶上、东平等县（市），又经东平湖注入黄河。上游有牟汶河、瀛汶河、石汶河、泮汶河、柴汶河等主要流源；自泰安大汶口至本县戴村坝为中游；戴村坝以下为下游，流长200余公里。流域面积8735平方公里。流域及名称多次变迁。北魏时期，汶水是济水的支流，入东平境后，经鄣城西南，桃乡城西（今戴村坝地），过无盐县城南（今无盐村南），又西南经寿张县城北（今新湖乡霍庄北），又西南至安民亭（小安山）南，入济水。北宋时期，梁山泊（古大野泽）以北的济水（当时称北清河）与汶水合流后，又名大清河，汶水又成为大清河的支流。宋咸平以后，黄河多次溃决。东平城南左右二汶（②据《东原考古录》载：东平泗汶分流之区。左二汶西南至南旺湖。右二汶的右左汶即龙宫河；右右汶即小清河。）入济河道迁塞。其一绕州城东，夺漆沟下游北流；一绕城南相会于马家口，合流至清河门入大清河。公元1411年（明永乐九年），开复会通河，引汶济运。在宁阳以北筑堽城坝，以遏入洸之流；坎河口以南（今汇河口）筑戴村坝，以遏入海之路。至1855年（清咸丰五年）黄河夺清入海后，汶河又成为黄河下游最末一条大支流。汶之入黄口又北移鱼山。建国后，自鄣城以东倒沟子埝堤进入县境，至戴村坝长12公里，为东平所辖河段。1958年东平湖水库建成后，汶水漫坝会大清河水入东平湖，经陈山口出湖闸泄入黄河。
小汶河 即戴村坝以南，沿县境东南边界，至南旺湖的一条引汶济运河道。1411年（明永乐九年），重开济宁至临清192.5公里会通河道时，在汶水下游筑戴村坝，改向南开小汶河，穿过南旺湖于南旺镇附近注入运河，并分水南北。至十六世纪，小汶河至南旺一段，成为汶水济运的唯一河道和分水点，又是分泄汶河洪水、减轻下游防洪负担的排洪河道。
小汶河自戴村坝至南旺，全长40公里。戴村坝至孙村一段，长12.5公里，分属东平、汶上管辖。1959年，兴修小汶河束水工程，遂将小汶河堵坝废除。
汇河 古称坎河，俗称汇泉河（汇集诸泉之意），为汶、清河的主要支流。发源于肥城县陶山、龙山，全长75公里。流经肥城、平阴，在丁坞西北3公里处入境。南经丁坞、下遂城、张河桥、口头、刘所至戴村坝东侧入汶河。中途有东金线河、西金线河、洪山河、独山河注入。境内汇河全长22公里，河宽50～70米。建国后，在汇河下游，截弯取直，开凿加深，从姜沟改道，至戴村坝以下直入大清河。
大清河 今大汶河下游，一名北沙河，古漆沟故渎，下游曾称盐河。据载：水清莫如济，故古济水亦名清河。济水原在郓城分流南北，南济水为南清河。元、明时期称南运河，清咸丰时期称牛头河。北济水为北清河，因汶济合流，又名大清河，名属“济”不属汶。自济水伏流不见以后，大清河所属惟汶水，故沿称大清河。汶水未入济渎以前，东至戴村坝，西经东平城北统称大清河。城南古汶河（右右汶）亦沿称大清河，别称小清河，统为汶水。
今大清河是县境南北横断的最大一条排洪河道。自戴村坝以下，西经龙崮、后亭、流泽、大牛村、武家漫、单楼至马口入东平湖（此段河长33.7公里，平均宽1公里）。又於湖之北岸北经清河门、陈山口出湖闸注入黄河（此段河长14公里）。
小清河 一名南沙河，古右右汶故道，是大清河的分洪河道。原河道由龙崮村东，分大清河一支，西南流经岔河门南，彭集东，尹村北，西绕王圈南，又西经沙河涯、陈柳林、索桃园、南桥、陈堤、解河口至马口，与大清河会流。全长30公里，平均宽约100米。1946年报请上级主管部门批准，分别在龙崮进水口和马口出水口筑坝截流，河道废除。
运河 俗称运粮河。1289年（元至元二十六年）在今临清至梁山县安民山东，开凿会通河（今运河故道），长125公里。自安民山东至任城（今济宁）开凿济州河，长65公里。元末，山东境内运河淤塞。明永乐年间，重开会通河。1855年，黄河夺清入海，运堤一度冲毁，运道涸竭。1902年，漕粮停运，改行海运。不久，黄河至临清段遂淤为平陆。县境运河于安山镇西，下渡口北，开新坡河以通盐艘，北经马庄、窦庄至张家口入大清河。
民国年间，运河南自靳口入县境，经安山镇至戴庙，抵阳谷县，共30公里。1940年始，从靳口至安山一段，共18公里，为东平与昆山县（今梁山）的分界河。1958年扩建东平湖水库后，此段堵废。
东平湖 位于县境西部，跨东平、平阴、梁山、汶上四县。全湖分一级湖（老湖）、二级湖（新湖），总面积627平方公里（详见本志第八编《东平湖》）。
稻屯洼 位于县城西8公里，在稻屯、石楼村北，豆山以南。为境内北部山丘区中、小河道及坡水积水洼。1954年定为大清河特大洪水滞洪区。同时修建了围堤，开挖了排水沟渠。总面积66.1平方公里。内有自然村63个，可耕地7.3万亩，设计蓄洪库容1.59亿立方米。临时爆破泄洪口门（东马口）设计宽42米，进入流量1000秒立方米；王台泄洪流量50秒立方米。东平旧八大景之一“稻蒲荷香”即在此地。
黄河 自戴庙乡石洼村西入境，至斑鸠店镇八里汀村北出境，全长28公里。河道最宽处6公里（肖庄一带）；最窄处1.5公里（艾山一带）。入境处黄河大堤以东十里堡一带，地势洼下，较河底低3米左右，向北趋于平衡。
中小型河道简况表
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┃名称 │起止地点 │长度（公里） │备注 ┃
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┃龙拱河 │戴村一双庙 │19.00 │古为汶水南支，现入湖东排渗河 ┃
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┃新御河 │王营一桃园南 │9.00 │入湖东排渗河 ┃
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┃赵王河 │张老庄北一巴掌柳西 │7.00 │入湖东排渗河 ┃
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┃苇子河 │后亭一于海南 │12.50 │现名排水沟，入湖东排渗河 ┃
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┃北赵王河 │苇子河西北一于海南 │8.50 │入湖东排渗河 ┃
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┃东金线河 │肥城孔庄北一席桥东 │18.50 │入汇河 ┃
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┃洪山河北支 │上套村一南山庄北 │8.00 │入汇河 ┃
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┃洪山河南支 │大井南一接山北 │5.00 │入汇河 ┃
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┃西金线河 │土安、郭山一带一丁坞北 │11.5 │入汇河 ┃
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┃南金线河 │辛庄北一孟村南 │8.50 │入稻屯洼 ┃
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┃白吉河 │井仓北一稻屯北 │11.00 │入稻屯洼 ┃
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┃湖东排渗河 │武家漫一吴桃园南 │25.50 │经汶上县、梁山县，入济梁运河 ┃
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┃大清河北排渗河│路口一王台南 │6.50 │入大清河 ┃
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┃跃进河 │柿子园一铁板桥南 │13.50 │入稻屯洼 ┃
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┃护林沟 │马楼一丁坞大桥 │5.00 │入汇河 ┃
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┃柳长河 │东平湖一义和堤西1.5公里 │2.50 │经梁山县境入济梁运河 ┃
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