元
元代实行社制，每五十家为一社。
据元代韩珪的《宁阳历代沿革记》记载：“乙未年，诏郡邑土断以定编民。壬子（为宪宗二年1252年）间，得户四百八十四，乡二，社八”。
明
明初，沿用元朝的社制。洪武十四年（1381年），县以下推行里甲制，以一百一十户为一里，一里分为十甲。正德六年（1511年）改里为社。
据明万历二十四年（1596年）刻本《兖州府志·律置志》记载，宁阳县设三乡三十一社（该志称“凡三十一里”），即城西青川乡：坊廓社、临邑社、泗庄社、青川屯、东河社、青川社、东张社、西黄社、东王社、云山社、泗高社、东王屯；城北堽城乡：平陵社（似平陆社之误）、伏山社、张徐社、下大社、堽城社、新落社、冯鱼社、周村社、太平社、故城社；城东贤义乡：香泗社、韦周社、龙堽社、石碣社、葛石社、贤义社、南义社、南白社、灵山社。
清
清初，沿用明朝旧制，康熙年间实行里社制和保甲制两套制度，以里社制为主。雍正以后，里社制逐渐被废弛，改以保甲制为主。光绪年间恢复社制。
据清咸丰元年重修《宁阳县志·里社》记载，全县共三乡分为二十八社、一屯二十一集。即西乡九社九集：坊郭社、临邑社、泗庄社、青川社、西茂社、东张社、东王社、云山社、泗高社、城西关集、古城集、孙村集、王家楼集、西疏集、黄茂集、戴伯集、白马庙集、东王屯集；东乡九社七集：香泗社、韦周社、龙堽社、石碣社、葛石社、贤义社、南义社、灵山社、南白社、石碣集、香泗集、韦周集、龙堽集、葛石店集、南义集、东庄集；北乡十社一屯四集：平陆社、伏山社、张徐社、夏戴社、新乐社、冯鱼社、周村社、堽城社、古城社、太平社、堽城屯、茅庄集、堽城屯集、太平集、蒋家集。
清光绪十三年（1887年）《宁阳续志·里社》记载，政区划分与咸丰年间相同。
中华民国
民国初期，保留社制，社以上置乡。由民国元年（1912年）《兖州府宁阳县自治区域图》可以知道，全县除城区外分为八个乡，即古城乡（驻泗庄店）、疏里乡（驻小伯）、瞻云乡（驻白马庙）、刚城乡（驻堽城屯）、临汶乡（驻蒋家集）、鲁姑乡（驻南义）、柴城乡（驻进良庄）、葛仙乡（驻葛石店）。
民国二十一年（1932年），改乡社制为区乡制。民国二十一年《山东宁阳县全图》标明，全县划分为九个区，即一区（驻县城）、二区（驻西金马庄）、三区（驻堽城屯）、四区（驻王家娄）、五区（驻白马庙）、六区（驻葛石店）、七区（驻天福庄）、八区（驻南驿）、九区（驻东庄）。区辖七十三乡（镇），其中十六镇。共辖七百三十四村。
1938年，原八、九区先后划归曲泗宁、泰泗宁边区，由其“中心县委”管辖。
1948年8月，将一至七区划分为80个乡级联防片。
中华人民共和国
新中国建立初，区划未变。1951年，“民主建政”结束，全县建成8个区，92个乡，辖573个村。
1955年10月13日，原序数区名，更为地名区名。一区改称十里区；二区改称乡饮区；三区改称泗店区；四区改称西疏区；五区改称王卞区；六区改称伏山区；七区改称堽城区；八区改称彩山区；九区改称葛石区。
1956年，将原9个区的96个乡，调整为86个乡。同年4月，徂阳县撤销，磁窑、东庄、南驿3个区30个乡复归。此时全县共有12个区、116个乡，建有高级农业生产合作社。同年11月8日，又合并为49个乡（镇），其中有1个镇。
1958年2月，撤区并乡，东庄、磁窑2个区及所属10个乡划归新泰县。其余10个区划分为20个乡（镇），辖130处高级农业生产合作社。
1958年9月4日，伏山、白马2个乡的12处农业生产合作社，联合成立红旗人民公社。9月底，共建成城关、伏山、乡饮、泗店、西疏、大伯、鹤山、茅庄、堽城屯、蒋集、南驿、葛石、皋山13处人民公社，下设101个生产大队，586个生产小队。
1959年2月，13个人民公社调整为9个人民公社，即：城关人民公社、东疏人民公社、鹤山人民公社、伏山人民公社、堽城人民公社、蒋集人民公社、南驿人民公社、葛石人民公社、机关人民公社（驻国营宁阳农场）。同年8月，机关人民公社改为城南人民公社，后划出葛石、城关两人民公社的部分大队建成乡饮人民公社。同年12月，新泰县华丰人民公社划归宁阳县。
1961年4月，将华丰公社的南故城、东庄、韩庄、石崮、山阴、崔解、南鄙、陈村、凤山等9个大队划出，建成东庄人民公社。至此，全县共有12处人民公社。12处人民公社下设134个管理区（为人民公社派出机构），521个生产大队，3001个生产小队。
1962年，12处人民公社下设70个管理区，584个生产大队，3990个生产小队。人民公社体制基本稳定下来。
1982年1月7日，城关人民公社改建为城关镇（公社级），所辖范围不变。同年底，全县有11处人民公社，1个公社级镇，77个管理区，613个生产大队，3415个生产小队。
1983年5月，在东疏人民公社进行设区建乡试点。同年8月，农村体制改革结束，又有城南、伏山、鹤山、堽城、蒋集、南驿、华丰、东庄、葛石、乡饮10处人民公社设区建乡。南驿的太平管理区改为磁窑镇（乡级）。城关镇撤销石桥管理区，保留4个管理区。至此全县设11个区，1个区级镇，71个乡，1个乡级镇，4个管理区，613个村民委员会。
1984年5月，全县改设12个区，68个乡，8个乡级镇。
1985年11月，撤销12个区、68个乡、8个乡级镇，改设8个镇12个乡。分别为城关镇、东疏镇、伏山镇、堽城镇、磁窑镇、华丰镇、南驿镇、葛石镇、泗店乡、西疏乡、王卞乡、鹤山乡、白马乡、茅庄乡、蒋集乡、东庄乡、崔解乡、东营乡、石集乡、乡饮乡。全县有村民委员会614个。
1985年12月，城关镇更名为宁阳镇，1986年6月，东营乡改称灵山乡，村民委员会626个。
1994年12月，蒋集乡、泗店乡、石集乡撤乡建镇，原行政区域不变。1995年12月，茅庄乡、白马乡撤乡建镇，原行政区域不变。是年，全县共设13镇7乡。
2001年2月，撤销西疏乡、王卞乡、崔解乡、灵山乡、南驿镇、石集镇、茅庄镇、白马镇，分别并入东疏镇、鹤山乡、东庄乡、华丰镇、磁窑镇、葛石镇、堽城镇、伏山镇。
2006年3月，宁阳经济开发区被省政府批准设立省级开发区。2009年6月，县委决定：在不改变磁窑镇、蒋集镇行政区划的前提下，结合土地利用规划修编，将磁窑镇程花村、路花村、前海子村、后海子村、周庄村、大旺村、齐岭村、老王村、朴家宅村、颜家庄村10个村庄和蒋集镇枕河村、彩石村、邢家庄3个村庄划入开发区集中统一管理。
2010年9月16日，撤销宁阳镇，建文庙、八仙桥2个街道，文庙街道辖17个村民（社区）委员会，八仙桥街道辖24个村民（社区）委员会。同时，东庄乡撤乡建镇，原行政区域未变。