顺治三年（1646年） 县城西部农民暴动，诛典史种起凤。
顺治五年（1648年） 东部山区农民起义，夜半攻入县城。宁阳城始驻绿营兵，汛官一员。
康熙七年（1668年） 七月，山东省郯城县、莒南县发生大地震，波及宁阳，屋震荡倒塌。
康熙八年（1669年） 泗皋至香寺烈风迅雷忽起，拔木揠禾。
康熙十一年（1672年） 重修《宁阳县志》问世，知县刘兴汉修。
康熙二十四年（1685年） 社仓储粟收归县仓，遂为官粟，不经县令准许不能擅动。
康熙四十一年（1702年） 7月，大雨数天，大汶河石梁、桑安堤决口，田禾淹没。古历七月三日戊时，大风忽起，民间碌碡滚动。
康熙五十四年（1715年） 县署推行以康熙五十年（1711年）丁册人口为赋役常额，以后增丁不增税（康熙五十年实在当差人18559丁，每丁纳银一钱二分）。
康熙五十五年（1716年） 7月，大汶河暴涨，石梁以西决口，宁阳、汶上、滋阳、济宁均受害。至1719年，四县合修汶堤。
雍正四年（1726年） 实行“摊丁入亩”赋役制度，每征地银一两，征丁银一钱一分五厘。
雍正八年（1730年） 夏汶河大水决周村至泗皋河堤，县境北部“尽为泽国，白沙漫野”。
雍正十二年（1734年） 宁阳城建普济堂，养济鳏寡孤老。宁阳城建育婴堂，育养弃婴。
乾隆八年（1743年） 在金羊山建东山书院，四乡建社学各一所。知县李梦雷修《宁阳县志》、《宁阳县赋役全书》问世。
乾隆十七年（1752年） 县署劝种蕃薯（地瓜）。
嘉庆元年（1796年） 齐家庄人齐镇清试种长生果（花生），不久遍及各地。
道光二十年（1840年） 县署丈量田亩，统计人口。全县上、中、下三等征粮地和额外开荒地共3014顷9亩，人口353168人。
道光二十六年（1846年） 5月，全县大雨数天，大汶河河水暴涨，堽城、石梁堤岸决口各百余丈，田舍被淹，人畜伤亡严重。知县陈纪勋督率民工连日修堤374丈，控制洪水漫溢。
咸丰元年（1851年） 乡宦黄恩彤（添福庄人，原广东巡抚）组编地主武装团练，就地选取丁壮，大社百人，中社50人，小社30人。由乡总率领，为富豪士绅守家护院，镇压农民起义。是年知县陈纪勋修、黄恩彤纂《宁阳县志》问世。
咸丰十年（1860年） 10月28日，捻军数万，旌旗角声十里不绝，由鲁西南攻入县境。克县城，烧县署，杀死典史龚绍昌，地主乡绅纷纷避入九山。是年，在县城北关设义学一所。
咸丰十一年（1861年） 3月，捻军再次攻入县境，一韩姓农民率众响应，地主乡绅避入鹤山，筑垒顽抗。捻军到，呼声震天，攻破石垒，地主乡绅多被消灭。
同治四年（1865年） 4月，捻军数万由肥城县过汶河入境，攻打落星堡，击溃参将莫祖绅，清军死伤400余人。
光绪五年（1879年） 知县高升荣修、黄恩彤纂《宁阳县志》问世。
光绪八年（1882年） 县城设圣邻书院，每年县学考录的文童、廪膳生员、增广生员多在此就读，准备乡试。
光绪十二年（1886年） 县城内建永丰仓，收各社存粟7000余石俱充永丰仓，借贷生息，以作书院费用。
光绪十五年（1889年） 春，全县发生流行性感冒，儿童尤重，死亡6000余人。
光绪二十年（1894年） 德国传教士在县城内建天主教堂（原址在今宁阳宾馆），内有神甫2人，修女4人，开始定点传教。
光绪二十五年（1899年） 一支外来义和团在其首领张聚田带领下，至境内西南乡活动，知县李镜江会同兖州镇兵马前往镇压，团众英勇拼搏，终因寡不敌众，退出县境。
光绪二十六年（1900年） 7月，茌平、平原、禹城三县义和团三、四百人，由泰安县攻入县境，准备攻打县城教堂，途径白马庙与清军发生激烈战斗，清军被杀200余人，义和团亦有伤亡。战斗结束，义和团退出县境。
光绪二十九年（1903年） 圣邻书院改为宁阳县高等小学堂，旋又附设初级师范学堂、初等小学堂。为境内新学之始。
光绪三十二年（1906年） 春，县城华新银号附设大清邮政代办所，沿兖州至宁阳邮路步班邮运，为境内邮政之始。是年，县城内设劝学所，附设农桑支会，在县城东北三里许，创辟桑场一处。
光绪三十三年（1907年） 冬，知县曹倜修《宁阳县乡土志》问世，为初级小学堂向稚童进行乡土教育的百科教材。是年，全县置30社，每社设社正1人。有人口207626人，其中男112161人，女92465人。
宣统元年（1909年） 秋，济南森林公司在孙家滩建成，占地1075亩。是年，济宁人米献臣（米汝厚）集银3万两，在境内东部创建华丰煤矿公司，用土法采煤。
宣统二年（1910年） 11月10日，津浦铁路通车，境内设有磁窑、南驿两站。外地商人始入宁阳经商。是年，境内最大的商行惠兰斋糕点铺在县城西街设立，经营糕点、酱菜等，属股份经营。