元宪宗二年（1252年） 查定全县户口，得484户。
宪宗七年（1257年） 大汶河上置汶水东闸，截汶水入洸河。
至元二年（1265年） 撤销宁阳县，设宁阳镇，并入滋阳县，属济宁路兖州府。
大德元年（1297年） 复设宁阳县。县城建文庙大成殿。
至正二年（1342年） 征夫2万人，疏浚洸河56里，洸河畅通。
至正四年（1344年） 农民军数百人，红巾裹头、呼声震天，攻入县城，烧毁县署。
至正七年（1347年） 县尹刘允在原址重新营建县署。
明洪武二年（1369年） 山西省洪洞县鹊喜村人开始迁居宁阳县。至1404年，30多个姓氏迁至境内定居。
洪武五年（1372年） 奉符县（泰安县）所并故城等4社,汶上县所并西黄(西疏、黄茂一带）等5村收归宁阳。
永乐九年（1411年） 汶水东闸改筑土坝。
成化二年（1466年） 设递铺5座，即泗店铺、宁阳城铺、石桥铺、伏山铺、堽城驿铺。
成化十年（1474年） 于汶水土坝西南置堽城石坝，长120丈，底宽2.5丈，顶宽1.7丈。
成化十一年（1475年） 都水分司员外郎张盛于堽城堰建龙王庙（禹王庙）。
正德六年（1511年） 河北省刘六率义军南下，一度占领宁阳城摧毁城墙。
正德十年（1515年） 重修宁阳城墙并置四门，东门称望泗，西门称临洸，南门称迎恩，北门称瞻岳。
嘉靖九年（1530年） 宁阳城墙改土筑为砖筑，开挖护城河。
嘉靖二十四年（1545年） 马政制度改革，将养马制改为征银制，每匹征银24两。
嘉靖二十九年（1550年） 明宗室朱戴垿被封为宁阳王。
隆庆五年（1571年） 县署开设学田，其收入用以补给困难生员。
万历元年（1573年） 第一部《宁阳县志》问世，知县李贞修。
万历九年（1581年） 宁阳城土墙改为外砖内土。
万历十八年（1590年） 各社始设社仓，储粟备灾荒，借贷生息。
万历二十年（1592年） 宁阳城设养济院，收养孤老。
万历三十五年（1607年） 赋役制度改革，实物税改为货币税，赋税，徭役、杂税按银两合并征收。
崇祯元年（1628年） 均丈土地，清查人口，计征粮地3115顷56亩，丁33863口。
崇祯十二年（1639年） 全县大旱，蝗灾、瘟疫并生，“斗米万钱，人相食”。
崇祯十三年（1640年） 马良、秦景据彩山率众起义，威震东部山区，一度攻打葛石店、宁阳城。
崇祯十五年（1642年） 清军攻入宁阳县，克宁阳城，明朝知县李之庚自杀。
崇祯十七年（1644年） 李自成农民军步骑兵300人越县境北。